The critical role of isomiRs in accurate differential expression analysis of miRNA-seq data
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Le résumé fourni par la source
Abstract MicroRNAs (miRNAs) are crucial for the regulation of gene expression and are promising biomarkers and therapeutic targets. miRNA isoforms (isomiRs) differ in their start/end offsets, which can impact the target gene selection and non-canonical function of the miRNA species. In addition, isomiRs frequently differ in their expression patterns from their parent miRNAs, yet their roles and tissue-specific responses are currently understudied, leading to their typical omission in miRNA research. Here, we evaluate the expression differences of isomiRs across conditions and their impact on standard miRNA-seq quantification results. We analyze 28 public miRNA-seq datasets, showing significant expression pattern differences between the isomiRs and their corresponding reference miRNAs, leading to misinterpretation of differential expression signals for both. As a case study, we generate a new dataset assessing isomiR abundance under hypoxia in human endothelial cells between the nuclear and cytosolic compartments. The results suggest that isomiRs are dramatically altered in their nuclear localization in response to hypoxia, indicating a potential non-canonical effect of the species, which would be missed without isomiR-aware analysis. Our results call for a comprehensive re-evaluation of the miRNA-seq analysis practices.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- The critical role of isomiRs in accurate differential expression analysis of miRNA-seq data
- Date Crossref
- 31/03/2024
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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Artificial Intelligence in Medicine (Canada) pays non établi dans la noticeEntreprise
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University of Eastern Finland A. I. Virtanen Institute for Molecular Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Finland University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Broad Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Moscow Institute of Thermal Technology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Massachusetts Institute of Technology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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MIT Computer Science and Artificial Intelligence Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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School of Pharmacy pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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. Computer Science and Artificial Intelligence Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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A.I.Virtanen Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Artificial Intelligence in Medicine (Canada), A. I. Virtanen Institute for Molecular Sciences — University of Eastern Finland et Finland University, avec 7 autres affiliations.
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