Systematic annotation of orphan RNAs reveals blood-accessible molecular barcodes of cancer identity and cancer-emergent oncogenic drivers
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Abstract From extrachromosomal DNA to neo-peptides, the broad reprogramming of the cancer genome leads to the emergence of molecules that are specific to the cancer state. We recently described orphan non-coding RNAs (oncRNAs) as a class of cancer-specific small RNAs with the potential to play functional roles in breast cancer progression 1 . Here, we report a systematic and comprehensive search to identify, annotate, and characterize cancer-emergent oncRNAs across 32 tumor types. We also leverage large-scale in vivo genetic screens in xenografted mice to functionally identify driver oncRNAs in multiple tumor types. We have not only discovered a large repertoire of oncRNAs, but also found that their presence and absence represent a digital molecular barcode that faithfully captures the types and subtypes of cancer. Importantly, we discovered that this molecular barcode is partially accessible from the cell-free space as some oncRNAs are secreted by cancer cells. In a large retrospective study across 192 breast cancer patients, we showed that oncRNAs can be reliably detected in the blood and that changes in the cell-free oncRNA burden captures both short-term and long-term clinical outcomes upon completion of a neoadjuvant chemotherapy regimen. Together, our findings establish oncRNAs as an emergent class of cancer-specific non-coding RNAs with potential roles in tumor progression and clinical utility in liquid biopsies and disease monitoring.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Systematic annotation of orphan RNAs reveals blood-accessible molecular barcodes of cancer identity and cancer-emergent oncogenic drivers
- Date Crossref
- 21/03/2024
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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University of California Bakar Computational Health Sciences Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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UCSF Helen Diller Family Comprehensive Cancer Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of San Francisco pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Inserm pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Intégrité du génome pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut Curie pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Stanford Medicine pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Southwestern Medical Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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The University of Texas Southwestern Medical Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Exai Bio (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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University of Münster pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Bakar Computational Health Sciences Institute — University of California, UCSF Helen Diller Family Comprehensive Cancer Center et University of San Francisco, avec 9 autres affiliations.
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