Simuscale: un outil pour la simulation multi-echelles de populations cellulaires
Rattachement africain : fr. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Simuscale is a multiscale, individual-based modelling platform for performingnumerical simulations of heterogeneous populations of individual cells evolvingin time and interacting physically and biochemically. Models are described attwo levels: cellular level and population level. The cellular level describesthe dynamics of single cells, as defined by the modeller. Cells have aninternal state that includes default properties such as cell size and position, andmay also include any other cell-specific state, such as gene or proteinexpression. The population level describes the mechanical constraints andbiochemical interactions between cells. Cells evolve in bounded 3D domain, andcan divide or die. Simuscale implements the physical simulator that managesthe simulations at the population level. It delegates the details of cellulardynamics to each cell. This makes Simuscale modular, as it can accommodate anynumber of cell models with the same simulation, including models with differentmodelling formalisms. Biochemical interactions occur between cells that are incontact with each other, through intercellular signals. Intercellular signalscan be known to all or to a subset of the cells only. Simuscale expects aninput file describing the initial cell population and numerical options, itruns a simulation over a specified time interval, updating the cell populationat given time steps, and generates an output file containing the state of eachcell at each time step, and the tree of cell divisions and deaths.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
Où se fait cette recherche
-
Lyon 1 Université pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Institut Camille Jordan MMCS - Modélisation mathématique pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
MUSICS: Systèmes de cellules avec interactions multi-échelles pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Université Paris Cité pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Sorbonne Paris Cité pays non établi dans la noticeInstitution
-
Département mathématiques pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Mathématiques Appliquées à Paris 5 pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
École Normale Supérieure de Lyon pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Laboratoire de recherche en cardiovasculaire pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Institut National des Sciences Appliquées de Lyon pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
MUSICS - Systèmes de cellules avec interactions multi-échelles (Université Claude Bernard Lyon 1 - Gerland Centre de recherche Inria de Lyon 69603 Villeurbanne - France) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
MAP5 - UMR 8145 - Mathématiques Appliquées Paris 5 (UFR Mathématiques et Informatique pays non établi dans la noticeInstitution
Lyon 1 Université, MMCS - Modélisation mathématique — Institut Camille Jordan et MUSICS: Systèmes de cellules avec interactions multi-échelles, avec 9 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.