Genome and GWAS analysis identified genes significantly related to phenotypic state of Rhododendron bark
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Abstract As an important horticultural plant, Rhododendron is often used in urban greening and landscape design. However, factors such as the high rate of genetic recombination, frequent outcrossing in the wild, weak linkage disequilibrium, and the susceptibility of gene expression to environmental factors limit further exploration of functional genes related to important horticultural traits, and make the breeding of new varieties require a longer time. Therefore, we choose bark as the target trait which is not easily affected by environmental factors, but also has ornamental properties. Genome-wide association study (GWAS) of Rhododendron delavayi (30 samples), R. irroratum (30 samples) and their F1 generation R. agastum (200 samples) was conducted on the roughness of bark phenotypes. Finally, we obtained 2416.31 Gbp of clean data and identified 5 328 800 high-quality SNPs. According to the P-value and the degree of linkage disequilibrium of SNPs, we further identified 4 out of 11 candidate genes that affect bark roughness. The results of gene differential expression analysis further indicated that the expression levels of Rhdel02G0243600 and Rhdel08G0220700 in different bark phenotypes were significantly different. Our study identified functional genes that influence important horticultural traits of Rhododendron, and illustrated the powerful utility and great potential of GWAS in understanding and exploiting wild germplasm genetic resources of Rhododendron.
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- Titre Crossref
- Genome and GWAS analysis identified genes significantly related to phenotypic state of <i>Rhododendron</i> bark
- Date Crossref
- 10/01/2024
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Kunming Institute of Botany pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Chinese Academy of Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Yunnan Academy of Agricultural Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Nanjing Tech University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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State Key Laboratory of Materials-Oriented Chemical Engineering pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Chinese Academy of Sciences pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Zhejiang A & F University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Yunnan Key Laboratory for Crop Wild Relatives Omics Chinese Academy of Science Germplasm Bank of Wild Species pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Zhejiang A&F University State Key Laboratory of Subtropical Silviculture pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Zhejiang Institute of Advanced Technology Haiyan Engineering & Technology Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Kunming Institute of Botany, University of Chinese Academy of Sciences et Yunnan Academy of Agricultural Sciences, avec 7 autres affiliations.
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