A reference genome for the Andean cavefish Trichomycterus rosablanca (Siluriformes, Trichomycteridae): building genomic resources to study evolution in cave environments
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Le résumé fourni par la source
Abstract Animals living in caves are of broad relevance to evolutionary biologists interested in understanding the mechanisms underpinning convergent evolution. In the Eastern Andes of Colombia, populations from at least two distinct clades of Trichomycterus catfishes (Siluriformes) independently colonized cave environments and converged in phenotype by losing their eyes and pigmentation. We are pursuing several research questions using genomics to understand the evolutionary forces and molecular mechanisms responsible for repeated morphological changes in this system. As a foundation for such studies, here we describe a diploid, chromosome-scale, long-read reference genome for Trichomycterus rosablanca , a blind, depigmented species endemic to the karstic system of the department of Santander. The nuclear genome comprises 1Gb in 27 chromosomes, with a 40.0x HiFi long-read genome coverage having a N50 scaffold of 40.4 Mb and N50 contig of 13.1 Mb, with 96.9% (Eukaryota) and 95.4% (Actinopterygii) universal single-copy orthologs (BUSCO). This assembly provides the first reference genome for the speciose genus Trichomycterus , which will serve as a key resource for research on the genomics of phenotypic evolution.
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Le contrôle bibliographique ouvert
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- Titre Crossref
- A reference genome for the Andean cavefish <i>Trichomycterus rosablanca</i> (Siluriformes, Trichomycteridae): building genomic resources to study evolution in cave environments
- Date Crossref
- 13/11/2023
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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Universidad de Los Andes pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Universidad de Antioquia pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Rockefeller University Vertebrate Genome Laboratory pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Iguaque Foundation pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Departamento de Ciencias Biológicas pays non établi dans la noticeInstitution
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