Isoform-resolved transcriptome of the human preimplantation embryo
Rattachement africain : us, il. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Human preimplantation development involves extensive remodeling of RNA expression and splicing. However, its transcriptome has been compiled using short-read sequencing data, which fails to capture most full-length mRNAs. Here, we generate an isoform-resolved transcriptome of early human development by performing long- and short-read RNA sequencing on 73 embryos spanning the zygote to blastocyst stages. We identify 110,212 unannotated isoforms transcribed from known genes, including highly conserved protein-coding loci and key developmental regulators. We further identify 17,964 isoforms from 5,239 unannotated genes, which are largely non-coding, primate-specific, and highly associated with transposable elements. These isoforms are widely supported by the integration of published multi-omics datasets, including single-cell 8CLC and blastoid studies. Alternative splicing and gene co-expression network analyses further reveal that embryonic genome activation is associated with splicing disruption and transient upregulation of gene modules. Together, these findings show that the human embryo transcriptome is far more complex than currently known, and will act as a valuable resource to empower future studies exploring development.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Isoform-resolved transcriptome of the human preimplantation embryo
- Date Crossref
- 30/10/2023
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Icahn School of Medicine at Mount Sinai Department of Genetics and Genomic Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Pacific Biosciences (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Tel Aviv University Fertility and IVF Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Tel Aviv Sourasky Medical Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Immunai (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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University of Louisville Department of Biochemistry and Molecular Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Weizmann Institute of Science Department of Molecular Cell Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of California Department of Biological Chemistry pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Inc. Pacific Biosciences pays non établi dans la noticeEntreprise
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CORAL - Center Of Regeneration and Longevity pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Sackler Faculty of Medicine Department of Cell and Developmental Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Center for OncoGenomics and Innovative Therapeutics (COGIT) pays non établi dans la noticeInstitution
Department of Genetics and Genomic Sciences — Icahn School of Medicine at Mount Sinai, Pacific Biosciences (United States) et Fertility and IVF Institute — Tel Aviv University, avec 9 autres affiliations.
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