Alternative splicing in lung influences COVID-19 severity and respiratory diseases
Rattachement africain : jp, ca, gb. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Alternative splicing generates functional diversity in isoforms, impacting immune response to infection. Here, we evaluate the causal role of alternative splicing in COVID-19 severity and susceptibility by applying two-sample Mendelian randomization to cis-splicing quantitative trait loci and the results from COVID-19 Host Genetics Initiative. We identify that alternative splicing in lung, rather than total expression of OAS1, ATP11A, DPP9 and NPNT, is associated with COVID-19 severity. MUC1 and PMF1 splicing is associated with COVID-19 susceptibility. Colocalization analyses support a shared genetic mechanism between COVID-19 severity with idiopathic pulmonary fibrosis at the ATP11A and DPP9 loci, and with chronic obstructive lung diseases at the NPNT locus. Last, we show that ATP11A, DPP9, NPNT, and MUC1 are highly expressed in lung alveolar epithelial cells, both in COVID-19 uninfected and infected samples. These findings clarify the importance of alternative splicing in lung for COVID-19 and respiratory diseases, providing isoform-based targets for drug discovery.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Alternative splicing in lung influences COVID-19 severity and respiratory diseases
- Date Crossref
- 04/10/2023
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Japan Society for the Promotion of Science pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Jewish General Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Kyoto College of Graduate Studies for Informatics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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McGill University Department of Human Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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The University of Tokyo pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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McGill Genome Centre pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Leicester Department of Population Health Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Glenfield Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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National Institute for Health and Care Research pays non établi dans la noticeOrganisme public
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King's College London Department of Twin Research pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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McGill University Health Centre pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Graduate School of Medicine Department of Genome Informatics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Japan Society for the Promotion of Science, Jewish General Hospital et Kyoto College of Graduate Studies for Informatics, avec 9 autres affiliations.
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