Accès ouvert déclaré 2023 preprint

Unique Capabilities of Genome Sequencing for Rare Disease Diagnosis

Monica Hsiung Wojcik, Gabrielle Lemire, Maha Saad Zaki, Mariel Wissman, Wathone Win, S J White, Ben Weisburd, Leigh B. Waddell, Jeffrey M. Verboon, Grace E. VanNoy, Ana Töpf, Tiong Yang Tan, Volker W. Straub, Sarah L. Stenton, Hana Snow, Moriel Singer‐Berk, Josh Silver, Shirlee Shril, Eleanor G. Seaby, Ronen Schneider, Vijay G. Sankaran, Alba Sanchis-Juan, Kathryn A Russell, Karit Reinson, Gianina Ravenscroft, Eric A. Pierce, Emily Place, Sander Pajusalu, Lynn S. Pais, Katrin Õunap, Ikeoluwa Osei‐Owusu, Volkan Okur, Kaisa Teele Oja, Melanie O’Leary, Emily O’Heir, Chantal F. Morel, Rhett G. Marchant, Brian E. Mangilog, Jill A. Madden, Daniel G. MacArthur, Alysia Kern Lovgren, Jordan P. Lerner‐Ellis, Jasmine Lin, Nigel G. Laing, Friedhelm Hildebrandt, Emily Groopman, Julia K. Goodrich, Joseph G. Gleeson, Roula Ghaoui, Casie A. Genetti, Hanna T. Gazda, Vijay S Ganesh, Mythily Ganapathy, Lyndon Gallacher, Jack M. Fu, Emily G. Evangelista, Eleina M. England, Sandra C. Donkervoort, Stephanie P. DiTroia, Sandra T. Cooper, Wendy K. Chung, John Christodoulou, Katherine R. Chao, Liam D. Cato, Kinga M. Bujakowska, Samantha J. Bryen, Harrison Brand, Carsten G. Bönnemann, Alan H. Beggs, Samantha M. Baxter, Pankaj B. Agrawal, Michael E. Talkowski, Chrissy Austin-Tse, Heidi L. Rehm, Anne O’Donnell‐Luria

8Citations signalées, ce qui n’est pas une note de qualité

39Institutions déclarées

6Pays d’affiliation déclarés

Rattachement africain : us, Égypte, au, gb, ca, ee. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.

Le résumé fourni par la source

Background: Causal variants underlying rare disorders may remain elusive even after expansive gene panels or exome sequencing (ES). Clinicians and researchers may then turn to genome sequencing (GS), though the added value of this technique and its optimal use remain poorly defined. We therefore investigated the advantages of GS within a phenotypically diverse cohort. Methods: GS was performed for 744 individuals with rare disease who were genetically undiagnosed. Analysis included review of single nucleotide, indel, structural, and mitochondrial variants. Results: We successfully solved 218/744 (29.3%) cases using GS, with most solves involving established disease genes (157/218, 72.0%). Of all solved cases, 148 (67.9%) had previously had non-diagnostic ES. We systematically evaluated the 218 causal variants for features requiring GS to identify and 61/218 (28.0%) met these criteria, representing 8.2% of the entire cohort. These included small structural variants (13), copy neutral inversions and complex rearrangements (8), tandem repeat expansions (6), deep intronic variants (15), and coding variants that may be more easily found using GS related to uniformity of coverage (19). Conclusion: We describe the diagnostic yield of GS in a large and diverse cohort, illustrating several types of pathogenic variation eluding ES or other techniques. Our results reveal a higher diagnostic yield of GS, supporting the utility of a genome-first approach, with consideration of GS as a secondary or tertiary test when higher-resolution structural variant analysis is needed or there is a strong clinical suspicion for a condition and prior targeted genetic testing has been negative.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.

Le contrôle bibliographique ouvert

DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.

Titre Crossref: Unique Capabilities of Genome Sequencing for Rare Disease Diagnosis
Date Crossref: 13/08/2023
Éditeur: openRxiv
Type: posted-content

Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.

Où se fait cette recherche

Broad Institute Broad Center for Mendelian Genomics pays non établi dans la notice
Organisation à but non lucratif
Boston Children's Hospital Department of Pediatrics pays non établi dans la notice
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Harvard University pays non établi dans la notice
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Broad Center pays non établi dans la notice
Organisation à but non lucratif
Dana-Farber/Boston Children's Cancer and Blood Disorders Center pays non établi dans la notice
Établissement de santé
Manton Center for Orphan Disease Research pays non établi dans la notice
Structure de recherche
National Research Centre Égypte (code pays fourni par la source)
Structure de recherche
Dana-Farber Cancer Institute Department of Pediatric Oncology pays non établi dans la notice
Structure de recherche
The University of Melbourne Department of Pediatrics pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
Victorian Clinical Genetics Services pays non établi dans la notice
Structure de recherche
Murdoch Children's Research Institute pays non établi dans la notice
Organisation à but non lucratif
The University of Sydney pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure

Broad Center for Mendelian Genomics — Broad Institute, Department of Pediatrics — Boston Children's Hospital et Harvard University, avec 9 autres affiliations. Pays d’affiliation : Égypte.

Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.

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