Illuminate the Functions of Dark Proteins Using the Reactome‐IDG Web Portal
Rattachement africain : us, ca, gb. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Understudied or dark proteins have the potential to shed light on as-yet undiscovered molecular mechanisms that underlie phenotypes and suggest innovative therapeutic approaches for many diseases. The Reactome-IDG (Illuminating the Druggable Genome) project aims to place dark proteins in the context of manually curated, highly reliable pathways in Reactome, the most comprehensive, open-source biological pathway knowledgebase, facilitating the understanding functions and predicting therapeutic potentials of dark proteins. The Reactome-IDG web portal, deployed at https://idg.reactome.org, provides a simple, interactive web page for users to search pathways that may functionally interact with dark proteins, enabling the prediction of functions of dark proteins in the context of Reactome pathways. Enhanced visualization features implemented at the portal allow users to investigate the functional contexts for dark proteins based on tissue-specific gene or protein expression, drug-target interactions, or protein or gene pairwise relationships in the original Reactome's systems biology graph notation (SBGN) diagrams or the new simplified functional interaction (FI) network view of pathways. The protocols in this chapter describe step-by-step procedures to use the web portal to learn biological functions of dark proteins in the context of Reactome pathways. © 2023 Wiley Periodicals LLC. Basic Protocol 1: Search for interacting pathways of a protein Support Protocol: Interacting pathway results for an annotated protein Alternate Protocol: Use individual pairwise relationships to predict interacting pathways of a protein Basic Protocol 2: Using the IDG pathway browser to study interacting pathways Basic Protocol 3: Overlaying tissue-specific expression data Basic Protocol 4: Overlaying protein/gene pairwise relationships in the pathway context Basic Protocol 5: Visualizing drug/target interactions.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Illuminate the Functions of Dark Proteins Using the Reactome‐IDG Web Portal
- Date Crossref
- 01/07/2023
- Éditeur
- Wiley
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Oregon Health & Science University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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NYU Langone Health pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Ontario Institute for Cancer Research pays non établi dans la noticeOrganisme public
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European Bioinformatics Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Toronto Department of Molecular Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Science University Portland Oregon Oregon Health & pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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European Molecular Biology Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Oregon Health & Science University, NYU Langone Health et Ontario Institute for Cancer Research, avec 4 autres affiliations.
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