Discovery of a Hidden Trypanosoma cruzi Spermidine Synthase Binding Site and Inhibitors through In Silico, In Vitro , and X-ray Crystallography
Rattachement africain : jp. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
High Resolution Image Download MS PowerPoint Slide In drug discovery research, the selection of promising binding sites and understanding the binding mode of compounds are crucial fundamental studies. The current understanding of the proteins-ligand binding model extends beyond the simple lock and key model to include the induced-fit model, which alters the conformation to match the shape of the ligand, and the pre-existing equilibrium model, selectively binding structures with high binding affinity from a diverse ensemble of proteins. Although methods for detecting target protein binding sites and virtual screening techniques using docking simulation are well-established, with numerous studies reported, they only consider a very limited number of structures in the diverse ensemble of proteins, as these methods are applied to a single structure. Molecular dynamics (MD) simulation is a method for predicting protein dynamics and can detect potential ensembles of protein binding sites and hidden sites unobservable in a single-point structure. In this study, to demonstrate the utility of virtual screening with protein dynamics, MD simulations were performed on Trypanosoma cruzi spermidine synthase to obtain an ensemble of dominant binding sites with a high probability of existence. The structure of the binding site obtained through MD simulation revealed pockets in addition to the active site that was present in the initial structure. Using the obtained binding site structures, virtual screening of 4.8 million compounds by docking simulation, in vitro assays, and X-ray analysis was conducted, successfully identifying two hit compounds.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé, mais le titre doit être comparé manuellement.
- Titre Crossref
- Discovery of a Hidden <i>Trypanosoma cruzi</i> Spermidine Synthase Binding Site and Inhibitors through <i>In Silico, In Vitro</i> , and X-ray Crystallography
- Date Crossref
- 12/07/2023
- Éditeur
- American Chemical Society (ACS)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
-
Tokyo Institute of Technology Education Academy of Computational Life Sciences (ACLS) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
University of Tsukuba Transborder Medical Research Center pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Astellas Pharma (Japan) pays non établi dans la noticeEntreprise
-
Nagasaki University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
The University of Tokyo pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Astellas Pharma Inc Drug Discovery Research pays non établi dans la noticeEntreprise
-
School of Computing pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Graduate School of Medicine Department of Biomedical Chemistry pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
School of Tropical Medicine and Global Health pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Education Academy of Computational Life Sciences (ACLS) — Tokyo Institute of Technology, Transborder Medical Research Center — University of Tsukuba et Astellas Pharma (Japan), avec 6 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.