Accès ouvert déclaré 2023 preprint

Illuminating Dark Proteins using Reactome Pathways

Timothy Brunson, Nasim Sanati, Lisa R. Matthews, Robin Haw, Deidre Beavers, Solomon I. Shorser, Cristoffer Sevilla, Guilherme Viteri, Patrick Conley, Karen Rothfels, Henning Hermjakob, Lincoln Stein, Peter D’Eustachio, Guanming Wu

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5Institutions déclarées

3Pays d’affiliation déclarés

Rattachement africain : us, ca, gb. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.

Le résumé fourni par la source

Limited knowledge about a substantial portion of protein coding genes, known as "dark" proteins, hinders our understanding of their functions and potential therapeutic applications. To address this, we leveraged Reactome, the most comprehensive, open source, open-access pathway knowledgebase, to contextualize dark proteins within biological pathways. By integrating multiple resources and employing a random forest classifier trained on 106 protein/gene pairwise features, we predicted functional interactions between dark proteins and Reactome-annotated proteins. We then developed three scores to measure the interactions between dark proteins and Reactome pathways, utilizing enrichment analysis and fuzzy logic simulations. Correlation analysis of these scores with an independent single-cell RNA sequencing dataset provided supporting evidence for this approach. Furthermore, systematic natural language processing (NLP) analysis of over 22 million PubMed abstracts and manual checking of the literature associated with 20 randomly selected dark proteins reinforced the predicted interactions between proteins and pathways. To enhance the visualization and exploration of dark proteins within Reactome pathways, we developed the Reactome IDG portal, deployed at https://idg.reactome.org, a web application featuring tissue-specific protein and gene expression overlay, as well as drug interactions. Our integrated computational approach, together with the user-friendly web platform, offers a valuable resource for uncovering potential biological functions and therapeutic implications of dark proteins.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.

Le contrôle bibliographique ouvert

DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.

Titre Crossref: Illuminating Dark Proteins using Reactome Pathways
Date Crossref: 05/06/2023
Éditeur: openRxiv
Type: posted-content

Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.

Où se fait cette recherche

Oregon Health & Science University pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
NYU Langone Health pays non établi dans la notice
Établissement de santé
Ontario Institute for Cancer Research pays non établi dans la notice
Organisme public
European Bioinformatics Institute pays non établi dans la notice
Structure de recherche
University of Toronto Department of Molecular Genetics pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
European Molecular Biology Laboratory pays non établi dans la notice
Structure de recherche

Oregon Health & Science University, NYU Langone Health et Ontario Institute for Cancer Research, avec 3 autres affiliations.

Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.

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