An integrated tumor, immune and microbiome atlas of colon cancer
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Le résumé fourni par la source
The lack of multi-omics cancer datasets with extensive follow-up information hinders the identification of accurate biomarkers of clinical outcome. In this cohort study, we performed comprehensive genomic analyses on fresh-frozen samples from 348 patients affected by primary colon cancer, encompassing RNA, whole-exome, deep T cell receptor and 16S bacterial rRNA gene sequencing on tumor and matched healthy colon tissue, complemented with tumor whole-genome sequencing for further microbiome characterization. A type 1 helper T cell, cytotoxic, gene expression signature, called Immunologic Constant of Rejection, captured the presence of clonally expanded, tumor-enriched T cell clones and outperformed conventional prognostic molecular biomarkers, such as the consensus molecular subtype and the microsatellite instability classifications. Quantification of genetic immunoediting, defined as a lower number of neoantigens than expected, further refined its prognostic value. We identified a microbiome signature, driven by Ruminococcus bromii, associated with a favorable outcome. By combining microbiome signature and Immunologic Constant of Rejection, we developed and validated a composite score (mICRoScore), which identifies a group of patients with excellent survival probability. The publicly available multi-omics dataset provides a resource for better understanding colon cancer biology that could facilitate the discovery of personalized therapeutic approaches.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- An integrated tumor, immune and microbiome atlas of colon cancer
- Date Crossref
- 01/05/2023
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Leiden University Medical Center Department of Pathology pays non établi dans la noticeOrganisme public
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St. Jude Children's Research Hospital Department of Immunology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Technology Innovation Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Freiburg Institute for Transfusion Medicine and Gene Therapy pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University Medical Center Freiburg pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Biogem pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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University of Naples Federico II Department of Electrical Engineering and Information Technology (DIETI) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Hamad bin Khalifa University Qatar Biomedical Research Institute (QBRI) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Qatar Foundation pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Weill Cornell Medical College in Qatar pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Wake Forest University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Hamad Medical Corporation pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
Department of Pathology — Leiden University Medical Center, Department of Immunology — St. Jude Children's Research Hospital et Technology Innovation Institute, avec 9 autres affiliations.
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