Cooltools: enabling high-resolution Hi-C analysis in Python
Rattachement africain : us, ch, at. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Chromosome conformation capture (3C) technologies reveal the incredible complexity of genome organization. Maps of increasing size, depth, and resolution are now used to probe genome architecture across cell states, types, and organisms. Larger datasets add challenges at each step of computational analysis, from storage and memory constraints to researchers’ time; however, analysis tools that meet these increased resource demands have not kept pace. Furthermore, existing tools offer limited support for customizing analysis for specific use cases or new biology. Here we introduce cooltools ( https://github.com/open2c/cooltools ), a suite of computational tools that enables flexible, scalable, and reproducible analysis of high-resolution contact frequency data. Cooltools leverages the widely-adopted cooler format which handles storage and access for high-resolution datasets. Cooltools provides a paired command line interface (CLI) and Python application programming interface (API), which respectively facilitate workflows on high-performance computing clusters and in interactive analysis environments. In short, cooltools enables the effective use of the latest and largest genome folding datasets.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Cooltools: enabling high-resolution Hi-C analysis in Python
- Date Crossref
- 01/11/2022
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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University of Massachusetts Chan Medical School Department of Systems Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Massachusetts Institute of Technology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Southern California Department of Computational and Quantitative Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Friedrich Miescher Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institute of Molecular Biotechnology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Austrian Academy of Sciences pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Institute for Medical Engineering and Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Department of Systems Biology — University of Massachusetts Chan Medical School, Massachusetts Institute of Technology et Department of Computational and Quantitative Biology — University of Southern California, avec 4 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.