City-wide wastewater genomic surveillance through the successive emergence of SARS-CoV-2 Alpha and Delta variants
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Le résumé fourni par la source
Genomic surveillance of SARS-CoV-2 has provided a critical evidence base for public health decisions throughout the pandemic. Sequencing data from clinical cases has helped to understand disease transmission and the spread of novel variants. Genomic wastewater surveillance can offer important, complementary information by providing frequency estimates of all variants circulating in a population without sampling biases. Here we show that genomic SARS-CoV-2 wastewater surveillance can detect fine-scale differences within urban centres, specifically within the city of Liverpool, UK, during the emergence of Alpha and Delta variants between November 2020 and June 2021. Furthermore, wastewater and clinical sequencing match well in the estimated timing of new variant rises and the first detection of a new variant in a given area may occur in either clinical or wastewater samples. The study's main limitation was sample quality when infection prevalence was low in spring 2021, resulting in a lower resolution of the rise of the Delta variant compared to the rise of the Alpha variant in the previous winter. The correspondence between wastewater and clinical variant frequencies demonstrates the reliability of wastewater surveillance. However, discrepancies in the first detection of the Alpha variant between the two approaches highlight that wastewater monitoring can also capture missing information, possibly resulting from asymptomatic cases or communities less engaged with testing programmes, as found by a simultaneous surge testing effort across the city.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- City-wide wastewater genomic surveillance through the successive emergence of SARS-CoV-2 Alpha and Delta variants
- Date Crossref
- 01/11/2022
- Éditeur
- Elsevier BV
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of Liverpool Institute of Infection pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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UK Health Security Agency Environmental Monitoring for Health Protection pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Newcastle University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Public Health England pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Imperial College London Department of Infectious Disease pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Brunel University of London pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Centre for Environment pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Murdoch University Food Futures Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Bangor University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Exeter pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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School of Engineering UK pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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College of Health Division of Biosciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Institute of Infection — University of Liverpool, Environmental Monitoring for Health Protection — UK Health Security Agency et Newcastle University, avec 9 autres affiliations.
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