Alignment of single-cell trajectory trees with CAPITAL
Rattachement africain : jp. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Global alignment of complex pseudotime trajectories between different single-cell RNA-seq datasets is challenging, as existing tools mainly focus on linear alignment of single-cell trajectories. Here we present CAPITAL (comparative analysis of pseudotime trajectory inference with tree alignment), a method for comparing single-cell trajectories with tree alignment whereby branching trajectories can be automatically compared. Computational tests on synthetic datasets and authentic bone marrow cells datasets indicate that CAPITAL has achieved accurate and robust alignments of trajectory trees, revealing various gene expression dynamics including gene-gene correlation conservation between different species.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Alignment of single-cell trajectory trees with CAPITAL
- Date Crossref
- 14/10/2022
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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The University of Osaka pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Kyoto University Institute for Chemical Research pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Kyoto University Institute for Chemical Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Graduate School of Medicine Department of RNA Biology and Neuroscience pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Osaka University Institute for Open and Transdisciplinary Research Initiatives (OTRI) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
The University of Osaka, Institute for Chemical Research — Kyoto University et Kyoto University Institute for Chemical Research, avec 2 autres affiliations.
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