The TaxUMAP atlas: efficient display of large clinical microbiome data reveals ecological competition involved in protection against bacteremia
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Le résumé fourni par la source
SUMMARY The microbiome is associated with health and disease, but causal effects are hard to quantify— especially in humans where controlled experiments are nearly impossible. Akin to natural experiments, closely monitored patients offer an alternative to characterize microbiome effects. We present TaxUMAP, a taxonomically-informed visualization method to effectively display diverse microbiome states. TaxUMAP charts a microbiome atlas from 1,870 cancer patients as they progress through therapy-induced perturbations, and quantifies the microbiome contribution to patients’ risk for life-threatening bacteremia. We find that the lowest diversity states (gut dominations) that follow antibiotic treatments are stable, and that diverse communities harbor more diverse antimicrobial resistance genes than dominations. We reveal that certain Klebsiella species are associated with reduced risk for bacteremia, an effect driven by bacterial competition that we validate experimentally in vitro and in vivo . TaxUMAP effectively maps longitudinal microbiome data that can facilitate research into causal microbiome effects on human health. HIGHLIGHTS TaxUMAP charts an atlas of patients’ microbiome states and their clinical context to reveal new causal effects. Antibiotics deplete the biodiversity and reduce the number of different antimicrobial resistance genes in the gut microbiome. Certain Klebsiella species are associated with lower risk of bacteremia by other gut-borne pathogens. These Klebsiella outcompete other gram-negative pathogens in vivo .
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- The TaxUMAP atlas: efficient display of large clinical microbiome data reveals ecological competition involved in protection against bacteremia
- Date Crossref
- 28/09/2022
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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New York University Institute for Systems Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Memorial Sloan Kettering Cancer Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Center for Disease Dynamics pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Cornell University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Stanford University Department of Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Chicago Duchossois Family Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Program for Computational and Systems Biology pays non établi dans la noticeInstitution
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Harvard T.H. Chan School of Public Health Department of Epidemiology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Department of Immunology pays non établi dans la noticeInstitution
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Adult Bone Marrow Transplantation Service pays non établi dans la noticeInstitution
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Weill Cornell Medical College pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Institute for Systems Genetics — New York University, Memorial Sloan Kettering Cancer Center et Center for Disease Dynamics, avec 8 autres affiliations.
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