Genomic epidemiological models describe pathogen evolution across fitness valleys
Rattachement africain : us, co. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Genomics is fundamentally changing epidemiological research. However, systematically exploring hypotheses in pathogen evolution requires new modeling tools. Models intertwining pathogen epidemiology and genomic evolution can help understand processes such as the emergence of novel pathogen genotypes with higher transmissibility or resistance to treatment. In this work, we present Opqua, a flexible simulation framework that explicitly links epidemiology to sequence evolution and selection. We use Opqua to study determinants of evolution across fitness valleys. We confirm that competition can limit evolution in high-transmission environments and find that low transmission, host mobility, and complex pathogen life cycles facilitate reaching new adaptive peaks through population bottlenecks and decoupling of selective pressures. The results show the potential of genomic epidemiological modeling as a tool in infectious disease research.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Genomic epidemiological models describe pathogen evolution across fitness valleys
- Date Crossref
- 15/07/2022
- Éditeur
- American Association for the Advancement of Science (AAAS)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Massachusetts Institute of Technology Department of Biological Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Universidad Nacional de Colombia pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Universidad de Los Andes pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Departamento de Salud Pública pays non établi dans la noticeInstitution
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Grupo Biología Matemática y Computacional pays non établi dans la noticeInstitution
Department of Biological Engineering — Massachusetts Institute of Technology, Universidad Nacional de Colombia et Universidad de Los Andes, avec 2 autres affiliations.
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