Retrotransposon instability dominates the acquired mutation landscape of mouse induced pluripotent stem cells
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Le résumé fourni par la source
Abstract Induced pluripotent stem cells (iPSCs) can in principle differentiate into any cell of the body, and have revolutionized biomedical research and regenerative medicine. Unlike their human counterparts, mouse iPSCs (miPSCs) are reported to silence transposable elements (TEs) and prevent TE-mediated mutagenesis. Here we applied short-read or Oxford Nanopore Technologies (ONT) long-read genome sequencing to 38 bulk miPSC lines reprogrammed from 10 parental cell types, and 18 single-cell miPSC clones. While single nucleotide variants and structural variants restricted to miPSCs were rare, we found 83 de novo TE insertions, including examples intronic to Brca1 and Dmd . LINE-1 (L1) retrotransposons were profoundly hypomethylated in miPSCs, beyond other TEs and the genome overall, and harbored alternative protein-coding gene promoters. Treatment with the L1 inhibitor lamivudine did not hinder reprogramming and efficiently blocked endogenous retrotransposition, as detected by ONT sequencing. These experiments reveal the complete spectrum and potential significance of mutations acquired by miPSCs.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Retrotransposon instability dominates the acquired mutation landscape of mouse induced pluripotent stem cells
- Date Crossref
- 17/02/2022
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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The University of Queensland Queensland Brain Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Mater Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Discovery Institute Development and Stem Cells Program pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Australian Regenerative Medicine Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Monash University Australian Regenerative Medicine Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Pfizer-University of Granada-Junta de Andalucía Centre for Genomics and Oncological Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Australian Research Council pays non établi dans la noticeOrganisme public
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The University of Western Australia pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Harry Perkins Institute of Medical Research pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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ARC Centre of Excellence in Plant Energy Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Centre for Cancer Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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The University of Adelaide Adelaide Centre for Epigenetics and The South Australian Immunogenomics Cancer Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Queensland Brain Institute — The University of Queensland, Mater Research et Development and Stem Cells Program — Discovery Institute, avec 9 autres affiliations.
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