The transcriptional hallmarks of intra-tumor heterogeneity across a thousand tumors
Rattachement africain : il, us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Each tumor contains malignant cells that differ in genotype, phenotype, and in their interactions with the tumor micro-environment (TME). This results in distinct integrated cellular states that govern intra-tumor heterogeneity (ITH), a central challenge of cancer therapeutics. Dozens of recent studies have begun to describe ITH by single cell RNA-seq, but each study typically profiledonly a small number of tumors and provided a narrow view of transcriptional ITH. Here, we curate, annotate and integrate the data from 77 different studies to reveal the patterns of ITH across 1,163 tumor samples covering 24 tumor types. Focusing on the malignant cells, we find thousands of transcriptional ITH programs that can be described by 41 consensus meta-programs (MPs), each consisting of dozens of genes that are coordinately upregulated in subpopulations of cells within many different tumors. The MPs cover diverse cellular processes and differ in their cancer-type distribution. General MPs associated with processes such as cell cycle and stress vary within most tumors, while context-specific MPs reflect the unique biology of particular cancer types, often resembling developmental cell types and suggesting the co-existence of variable differentiation states within tumors. Some of the MPs are further associated with overall tumor proliferation or immune state, highlighting their potential clinical significance. Based on functional similarities among MPs, we propose a set of 11 hallmarks that together account for the majority of observed ITH programs. Given the breadth and scope of the investigated cohort, the MPs and hallmarks described here reflect the first comprehensive pan-cancer description of transcriptional ITH.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- The transcriptional hallmarks of intra-tumor heterogeneity across a thousand tumors
- Date Crossref
- 20/12/2021
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Weizmann Institute of Science Department of Molecular Cell Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Brigham and Women's Hospital Department of Neurology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Harvard University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Massachusetts General Hospital Department of Pathology and Center for Cancer Research pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Center for Neuro-Oncology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Dana-Farber Cancer Institute Center for Neuro-Oncology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Center for Cancer Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Tel Aviv University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Sheba Medical Center Diabetes and Metabolism pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Washington University in St. Louis pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Faculty of Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Washington University School of Medicine Department of Otolaryngology-Head and Neck Surgery pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Molecular Cell Biology — Weizmann Institute of Science, Department of Neurology — Brigham and Women's Hospital et Harvard University, avec 9 autres affiliations.
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