Characterization of a new case of XMLV (Bxv1) contamination in the human cell line Hep2 (clone 2B)
Rattachement africain : fr. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
The use of misidentified cell lines contaminated by other cell lines and/or microorganisms has generated much confusion in the scientific literature. Detailed characterization of such contaminations is therefore crucial to avoid misinterpretation and ensure robustness and reproducibility of research. Here we use DNA-seq data produced in our lab to first confirm that the Hep2 (clone 2B) cell line (Sigma-Aldrich catalog number: 85011412-1VL) is indistinguishable from the HeLa cell line by mapping integrations of the human papillomavirus 18 (HPV18) at their expected loci on chromosome 8. We then show that the cell line is also contaminated by a xenotropic murine leukemia virus (XMLV) that is nearly identical to the mouse Bxv1 provirus and we characterize one Bxv1 provirus, located in the second intron of the pseudouridylate synthase 1 (PUS1) gene. Using an RNA-seq dataset, we confirm the high expression of the E6 and E7 HPV18 oncogenes, show that the entire Bxv1 genome is moderately expressed, and retrieve a Bxv1 splicing event favouring expression of the env gene. Hep2 (clone 2B) is the fourth human cell line so far known to be contaminated by the Bxv1 XMLV. This contamination has to be taken into account when using the cell line in future experiments.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Characterization of a new case of XMLV (Bxv1) contamination in the human cell line Hep2 (clone 2B)
- Date Crossref
- 29/09/2020
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Université Paris-Saclay pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Évolution pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut de Recherche pour le Développement pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Université de Poitiers EA4331-LITEC pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Écologie et Biologie des Interactions pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Centre Hospitalier Universitaire de Poitiers pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Laboratoire de Virologie et de Mycobactériologie pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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CHU de Poitiers Unité de Microbiologie Moléculaire et Séquençage pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
Centre National de la Recherche Scientifique, Université Paris-Saclay et Évolution, avec 6 autres affiliations.
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