Improvements and inter-laboratory implementation and optimization of blood-based single-locus age prediction models using DNA methylation of the ELOVL2 promoter
Rattachement africain : fr. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Several blood-based age prediction models have been developed using less than a dozen to more than a hundred DNA methylation biomarkers. Only one model (Z-P1) based on pyrosequencing has been developed using DNA methylation of a single locus located in the ELOVL2 promoter, which is considered as one of the best age-prediction biomarker. Although multi-locus models generally present better performances compared to the single-locus model, they require more DNA and present more inter-laboratory variations impacting the predictions. Here we developed 17,018 single-locus age prediction models based on DNA methylation of the ELOVL2 promoter from pooled data of four different studies (training set of 1,028 individuals aged from 0 and 91 years) using six different statistical approaches and testing every combination of the 7 CpGs, aiming to improve the prediction performances and reduce the effects of inter-laboratory variations. Compared to Z-P1 model, three statistical models with the optimal combinations of CpGs presented improved performances (MAD of 4.41-4.77 in the testing set of 385 individuals) and no age-dependent bias. In an independent testing set of 100 individuals (19-65 years), we showed that the prediction accuracy could be further improved by using different CpG combinations and increasing the number of technical replicates (MAD of 4.17).
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Improvements and inter-laboratory implementation and optimization of blood-based single-locus age prediction models using DNA methylation of the ELOVL2 promoter
- Date Crossref
- 24/09/2020
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Fondation Jean Dausset-CEPH pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Centre National de Recherche en Génomique Humaine pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Direction de la Recherche Fondamentale pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Laboratory for Bioinformatics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Laboratory of Excellence GenMed pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Laboratory for Human Genetics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Laboratory for Genomics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut François Jacob CEA pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Fondation Jean Dausset-CEPH, Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives et Centre National de Recherche en Génomique Humaine, avec 6 autres affiliations.
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