The Interaction of Fluorinated Glycomimetics with DC-SIGN: Multiple Binding Modes Disentangled by the Combination of NMR Methods and MD Simulations
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Le résumé fourni par la source
Fluorinated glycomimetics are frequently employed to study and eventually modulate protein–glycan interactions. However, complex glycans and their glycomimetics may display multiple binding epitopes that enormously complicate the access to a complete picture of the protein–ligand complexes. We herein present a new methodology based on the synergic combination of experimental 19F-based saturation transfer difference (STD) NMR data with computational protocols, applied to analyze the interaction between DC-SIGN, a key lectin involved in inflammation and infection events with the trifluorinated glycomimetic of the trimannoside core, ubiquitous in human glycoproteins. A novel 2D-STD-TOCSYreF NMR experiment was employed to obtain the experimental STD NMR intensities, while the Complete Relaxation Matrix Analysis (CORCEMA-ST) was used to predict that expected for an ensemble of geometries extracted from extensive MD simulations. Then, an in-house built computer program was devised to find the ensemble of structures that provide the best fit between the theoretical and the observed STD data. Remarkably, the experimental STD profiles obtained for the ligand/DC-SIGN complex could not be satisfactorily explained by a single binding mode, but rather with a combination of different modes coexisting in solution. Therefore, the method provides a precise view of those ligand–receptor complexes present in solution.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- The Interaction of Fluorinated Glycomimetics with DC-SIGN: Multiple Binding Modes Disentangled by the Combination of NMR Methods and MD Simulations
- Date Crossref
- 04/08/2020
- Éditeur
- MDPI AG
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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CIC bioGUNE pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University College Dublin Centre for Synthesis and Chemical Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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CIC biomaGUNE pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Respiratorias pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Centro de Investigaciones Biológicas Margarita Salas pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Ikerbasque pays non établi dans la noticeInstitution
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University of the Basque Country pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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CIBER de Enfermedades Respiratorias (CIBERES) pays non établi dans la noticeInstitution
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Faculty of Science and Technology Deptartment Organic Chemistry II pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Basque Foundation for Science Ikerbasque pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
CIC bioGUNE, Centre for Synthesis and Chemical Biology — University College Dublin et CIC biomaGUNE, avec 7 autres affiliations.
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