A versatile system to introduce clusters of genomic double‐strand breaks in large cell populations
Rattachement africain : de, il, us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
In vitro assays for clustered DNA lesions will facilitate the analysis of the mechanisms underlying complex genome rearrangements such as chromothripsis, including the recruitment of repair factors to sites of DNA double-strand breaks (DSBs). We present a novel method generating localized DNA DSBs using UV irradiation with photomasks. The size of the damage foci and the spacing between lesions are fully adjustable, making the assay suitable for different cell types and targeted areas. We validated this setup with genomically stable epithelial cells, normal fibroblasts, pluripotent stem cells, and patient-derived primary cultures. Our method does not require a specialized device such as a laser, making it accessible to a broad range of users. Sensitization by 5-bromo-2-deoxyuridine incorporation is not required, which enables analyzing the DNA damage response in post-mitotic cells. Irradiated cells can be cultivated further, followed by time-lapse imaging or used for downstream biochemical analyses, thanks to the high throughput of the system. Importantly, we showed genome rearrangements in the irradiated cells, providing a proof of principle for the induction of structural variants by localized DNA lesions.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- A versatile system to introduce clusters of genomic double‐strand breaks in large cell populations
- Date Crossref
- 20/08/2020
- Éditeur
- Wiley
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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German Cancer Research Center Group Genome Instability in Tumors pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Heidelberg University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Epigenomics (Germany) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Hebrew University of Jerusalem pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Hadassah Medical Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Concern Foundation pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Hopp Children's Cancer Center Heidelberg pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institute of Human Genetics University of Heidelberg Heidelberg Germany Institute of Human Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institute for Medical Research Israel‐Canada The Hebrew University‐Hadassah Medical School Jerusalem Israel Department of Developmental Biology and Cancer Research pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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The Hebrew University-Hadassah Medical School Department of Developmental Biology and Cancer Research pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Hopp Children's Cancer Center at the NCT (KiTZ) Heidelberg Germany pays non établi dans la noticeInstitution
Group Genome Instability in Tumors — German Cancer Research Center, Heidelberg University et Epigenomics (Germany), avec 8 autres affiliations.
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