Advanced molecular surveillance approaches for characterization of blood borne hepatitis viruses
Rattachement africain : us, il, es, Cameroun. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Defining genetic diversity of viral infections directly from patient specimens is the ultimate goal of surveillance. Simple tools that can provide full-length sequence information on blood borne viral hepatitis viruses: hepatitis C, hepatitis B and hepatitis D viruses (HCV, HBV and HDV) remain elusive. Here, an unbiased metagenomic next generation sequencing approach (mNGS) was used for molecular characterization of HCV infections (n = 99) from Israel which yielded full-length HCV sequences in 89% of samples, with 7 partial sequences sufficient for classification. HCV genotypes were primarily 1b (68%) and 1a (19%), with minor representation of genotypes 2c (1%) and 3a (8%). HBV/HDV coinfections were characterized by suppressed HBV viral loads, resulting in sparse mNGS coverage. A probe-based enrichment approach (xGen) aiming to increase HBV and HDV coverage was validated on a panel of diverse genotypes, geography and titers. The method extended HBV genome coverage a median 61% (range 8-84%) and provided orders of magnitude boosts in reads and sequence depth for both viruses. When HBV-xGen was applied to Israeli samples, coverage was improved by 28-73% in 4 samples and identified HBV genotype A1, A2, D1 specimens and a dual B/D infection. Abundant HDV reads in mNGS libraries yielded 18/26 (69%) full genomes and 8 partial sequences, with HDV-xGen only providing minimal extension (3-11%) of what were all genotype 1 genomes. Advanced molecular approaches coupled to virus-specific capture probes promise to enhance surveillance of viral infections and aid in monitoring the spread of local subtypes.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Advanced molecular surveillance approaches for characterization of blood borne hepatitis viruses
- Date Crossref
- 17/07/2020
- Éditeur
- Public Library of Science (PLoS)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Abbott Fund pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Israel Ministry of Health pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Instituto de Salud Carlos III Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas (CIBERehd) pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Banc de Sang i Teixits pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Université des Montagnes Cameroun (code pays fourni par la source)Université ou école supérieure
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Tel Aviv University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Infectious Diseases Research pays non établi dans la noticeInstitution
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Central Virology Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Transfusion Safety Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Sackler Faculty of Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Abbott Fund, Israel Ministry of Health et Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas (CIBERehd) — Instituto de Salud Carlos III, avec 8 autres affiliations. Pays d’affiliation : Cameroun.
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