A one-step, one-tube real-time RT-PCR based assay with an automated analysis for detection of SARS-CoV-2
Rattachement africain : in. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Early diagnosis of SARS-CoV-2 infected patients is essential to control the dynamics of the COVID-19 pandemic. We develop a rapid and accurate one-step multiplex TaqMan probe-based real-time RT-PCR assay, along with a computational tool to systematically analyse the data. Our assay could detect to a limit of 15 copies of SARS-CoV-2 transcripts—based on experiments performed by spiking total human RNA with in vitro synthesized viral transcripts. The assay was evaluated by performing 184 validations for the SARS-CoV-2 Nucleocapsid gene and human RNase P as an internal control reference gene with dilutions ranging from 1-100 ng for human RNA on a cohort of 26 clinical samples. 5 of 26 patients were confirmed to be infected with SARS-CoV-2, while 21 tested negative, consistent with the standards. The accuracy of the assay was found to be 100% sensitive and 100% specific based on the 26 clinical samples that need to be further verified using a large number of clinical samples. In summary, we present a rapid, easy to implement real-time PCR based assay with automated analysis using a novel COVID qPCR Analyzer tool with graphical user interface (GUI) to analyze the raw qRT-PCR data in an unbiased manner at a cost of under $3 per reaction and turnaround time of less than 2h, to enable in-house SARS-CoV-2 testing across laboratories.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- A one-step, one-tube real-time RT-PCR based assay with an automated analysis for detection of SARS-CoV-2
- Date Crossref
- 01/07/2020
- Éditeur
- Elsevier BV
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Homi Bhabha National Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Advanced Centre for Treatment pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Kerala State Council for Science pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Integrated Cancer Genomics Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Shilpee Dutt Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Haematopathology Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Department of Medical Oncology pays non établi dans la noticeInstitution
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Adjunct Faculty pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Homi Bhabha National Institute, Advanced Centre for Treatment et Kerala State Council for Science, avec 5 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.