Accelerating surveillance and research of antimicrobial resistance – an online repository for sharing of antimicrobial susceptibility data associated with whole-genome sequences
Rattachement africain : nl, dk, hu, gb. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Antimicrobial resistance (AMR) is an emerging threat to modern medicine. Improved diagnostics and surveillance of resistant bacteria require the development of next-generation analysis tools and collaboration between international partners. Here, we present the 'AMR Data Hub', an online infrastructure for storage and sharing of structured phenotypic AMR data linked to bacterial whole-genome sequences. Leveraging infrastructure built by the European COMPARE Consortium and structured around the European Nucleotide Archive (ENA), the AMR Data Hub already provides an extensive data collection of more than 2500 isolates with linked genome and AMR data. Representing these data in standardized formats, we provide tools for the validation and submission of new data and services supporting search, browse and retrieval. The current collection was created through a collaboration by several partners from the European COMPARE Consortium, demonstrating the capacities and utility of the AMR Data Hub and its associated tools. We anticipate growth of content and offer the hub as a basis for future research into methods to explore and predict AMR.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Accelerating surveillance and research of antimicrobial resistance – an online repository for sharing of antimicrobial susceptibility data associated with whole-genome sequences
- Date Crossref
- 01/05/2020
- Éditeur
- Microbiology Society
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Amsterdam University Medical Centers pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Amsterdam Amsterdam UMC pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Technical University of Denmark National Food Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Eötvös Loránd University Department of Physics of Complex Systems pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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HUN-REN Wigner Research Centre for Physics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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European Bioinformatics Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Erasmus MC pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Amsterdam Institute for Global Health and Development pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Wigner Research Centre for Physics of the HAS Department of Computational Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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European Molecular Biology Laboratory (EMBL) pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Erasmus University Medical Center Department of Viroscience pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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See the full list of the COMPARE ML-AMR group members pays non établi dans la noticeInstitution
Amsterdam University Medical Centers, Amsterdam UMC — University of Amsterdam et National Food Institute — Technical University of Denmark, avec 9 autres affiliations.
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