The First Genome Survey of the Antarctic Krill (Euphausia superba) Provides a Valuable Genetic Resource for Polar Biomedical Research
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Le résumé fourni par la source
The world-famous Antarctic krill (Euphausia superba) plays a fundamental role in the Antarctic food chain. It resides in cold environments with the most abundant biomass to support the Antarctic ecology and fisheries. Here, we performed the first genome survey of the Antarctic krill, with genomic evidence for its estimated genome size of 42.1 gigabases (Gb). Such a large genome, however, is beyond our present capability to obtain a good assembly, although our sequencing data are a valuable genetic resource for subsequent polar biomedical research. We extracted 13 typical protein-coding gene sequences of the mitochondrial genome and analyzed simple sequence repeats (SSRs), which are useful for species identification and origin determination. Meanwhile, we conducted a high-throughput comparative identification of putative antimicrobial peptides (AMPs) and antihypertensive peptides (AHTPs) from whole-body transcriptomes of the Antarctic krill and its well-known counterpart, the whiteleg shrimp (Penaeus vannamei; resident in warm waters). Related data revealed that AMPs/AMP precursors and AHTPs were generally conserved, with interesting variations between the two crustacean species. In summary, as the first report of estimated genome size of the Antarctic krill, our present genome survey data provide a foundation for further biological research into this polar species. Our preliminary investigations on bioactive peptides will bring a new perspective for the in-depth development of novel marine drugs.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- The First Genome Survey of the Antarctic Krill (Euphausia superba) Provides a Valuable Genetic Resource for Polar Biomedical Research
- Date Crossref
- 31/03/2020
- Éditeur
- MDPI AG
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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BGI Group (China) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Dalian Ocean University Liaoning Key Laboratory of Marine Animal Immunology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Chinese Academy of Sciences BGI Education Center pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Ocean University of China pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Chinese Academy of Fishery Sciences pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Shenzhen Key Lab of Marine Genomics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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East China Sea Fisheries Research Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
BGI Group (China), Liaoning Key Laboratory of Marine Animal Immunology — Dalian Ocean University et BGI Education Center — University of Chinese Academy of Sciences, avec 4 autres affiliations.
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