Postmortem Cortex Samples Identify Distinct Molecular Subtypes of ALS: Retrotransposon Activation, Oxidative Stress, and Activated Glia
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Le résumé fourni par la source
Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is a fatal neurodegenerative disease characterized by the progressive loss of motor neurons. While several pathogenic mutations have been identified, the vast majority of ALS cases have no family history of disease. Thus, for most ALS cases, the disease may be a product of multiple pathways contributing to varying degrees in each patient. Using machine learning algorithms, we stratify the transcriptomes of 148 ALS postmortem cortex samples into three distinct molecular subtypes. The largest cluster, identified in 61% of patient samples, displays hallmarks of oxidative and proteotoxic stress. Another 19% of the samples shows predominant signatures of glial activation. Finally, a third group (20%) exhibits high levels of retrotransposon expression and signatures of TARDBP/TDP-43 dysfunction. We further demonstrate that TDP-43 (1) directly binds a subset of retrotransposon transcripts and contributes to their silencing in vitro, and (2) pathological TDP-43 aggregation correlates with retrotransposon de-silencing in vivo.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Postmortem Cortex Samples Identify Distinct Molecular Subtypes of ALS: Retrotransposon Activation, Oxidative Stress, and Activated Glia
- Date Crossref
- 01/10/2019
- Éditeur
- Elsevier BV
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Cold Spring Harbor Laboratory pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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New York Genome Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Georgetown University Department of Neurology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Georgetown University Medical Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Johns Hopkins University Department of Neurology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Johns Hopkins Medicine pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of California San Diego Department of Neurosciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Stony Brook University Department of Anesthesiology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Center for Genomics of Neurodegenerative Disease pays non établi dans la noticeInstitution
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The NYGC ALS Consortium pays non établi dans la noticeInstitution
Cold Spring Harbor Laboratory, New York Genome Center et Department of Neurology — Georgetown University, avec 7 autres affiliations.
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