Integrated Single-Cell Transcriptomics and Chromatin Accessibility Analysis Reveals Regulators of Mammary Epithelial Cell Identity
Rattachement africain : us, jp. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
The mammary epithelial cell (MEC) system is a bilayered ductal epithelium of luminal and basal cells, maintained by a lineage of stem and progenitor populations. Here, we used integrated single-cell transcriptomics and chromatin accessibility analysis to reconstruct the cell types of the mouse MEC system and their underlying gene regulatory features in an unbiased manner. We define differentiation states within the secretory type of luminal cells, which forms a continuous spectrum of general luminal progenitor and lactation-committed progenitor cells. By integrating single-cell transcriptomics and chromatin accessibility landscapes, we identify cis- and trans-regulatory elements that are differentially activated in the specific epithelial cell types and our newly defined luminal differentiation states. Our work provides a resource to reveal cis/trans-regulatory elements associated with MEC identity and differentiation that will serve as a reference to determine how the chromatin accessibility landscape changes during breast cancer.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Integrated Single-Cell Transcriptomics and Chromatin Accessibility Analysis Reveals Regulators of Mammary Epithelial Cell Identity
- Date Crossref
- 01/10/2020
- Éditeur
- Elsevier BV
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of California Department of Biological Chemistry pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Irvine University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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10X Genomics (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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RIKEN Center for Integrative Medical Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Suite 401 pays non établi dans la noticeInstitution
Department of Biological Chemistry — University of California, Irvine University et 10X Genomics (United States), avec 2 autres affiliations.
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