Secondary structure of DNA released from purified capsids of human parvovirus B19 under moderate denaturing conditions
Rattachement africain : de, au, at. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Parvovirus B19 (B19V) possesses a linear single-stranded DNA genome of either positive or negative polarity. Due to intramolecular sequence homologies, either strand may theoretically be folded in several alternative ways. Viral DNA, when extracted from virions by several procedures, presents as linear single-stranded and/or linear double-stranded molecules, except when one particular commercial kit is used. This protocol yields DNA with an aberrant electrophoretic mobility in addition to linear double-stranded molecules, but never any single-stranded molecules. This peculiar kind of DNA was found in all plasma or serum samples tested and so we decided to analyse its secondary structure. In line with our results for one- and two-dimensional electrophoresis, mobility shift assays, DNA preparation by an in-house extraction method with moderate denaturing conditions, density gradient ultracentrifugation, DNA digestion experiments and competition hybridization assays, we conclude that (i) the unique internal portions of this distinctive single-stranded molecules are folded into tight tangles and (ii) the two terminal redundant regions are associated with each other, yielding non-covalently closed pseudo-circular molecules stabilized by a short (18 nucleotides) intramolecular stem, whereas the extreme 3'- and 5'-ends are folded back on themselves, forming a structure resembling a twin hairpin. The question arises as to whether this fairly unstable structure represents the encapsidated genome structure. The answer to this question remains quite relevant in terms of comprehending the initiation and end of B19V genome replication.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Secondary structure of DNA released from purified capsids of human parvovirus B19 under moderate denaturing conditions
- Date Crossref
- 01/05/2019
- Éditeur
- Microbiology Society
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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University of Bonn pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Helmholtz Centre for Environmental Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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The University of Queensland pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Max Planck Institute for Developmental Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Takeda (Austria) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Leipzig pays non établi dans la noticeInstitution
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Tübingen pays non établi dans la noticeInstitution
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Vienna pays non établi dans la noticeInstitution
University of Bonn, Helmholtz Centre for Environmental Research et The University of Queensland, avec 5 autres affiliations.
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