MetaDome: Pathogenicity analysis of genetic variants through aggregation of homologous human protein domains
Rattachement africain : nl, us, gb. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract The growing availability of human genetic variation has given rise to novel methods of measuring genetic tolerance that better interpret variants of unknown significance. We recently developed a novel concept based on protein domain homology in the human genome to improve variant interpretation. For this purpose we mapped population variation from the Exome Aggregation Consortium (ExAC) and pathogenic mutations from the Human Gene Mutation Database (HGMD) onto Pfam protein domains. The aggregation of these variation data across homologous domains into meta-domains allowed us to generate base-pair resolution of genetic intolerance profiles for human protein domains. Here we developed MetaDome, a fast and easy-to-use web service that visualizes meta-domain information and gene-wide profiles of genetic tolerance. We updated the underlying data of MetaDome to contain information from 56,319 human transcripts, 71,419 protein domains, 12,164,292 genetic variants from gnomAD, and 34,076 pathogenic mutations from ClinVar. MetaDome allows researchers to easily investigate their variants of interest for the presence or absence of variation at corresponding positions within homologous domains. We illustrate the added value of MetaDome by an example that highlights how it may help in the interpretation of variants of unknown significance. The MetaDome web server is freely accessible at https://stuart.radboudumc.nl/metadome .
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- MetaDome: Pathogenicity analysis of genetic variants through aggregation of homologous human protein domains
- Date Crossref
- 02/01/2019
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
-
Radboud University Nijmegen pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
University Medical Center Radboud Institute for Molecular Life Sciences pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
-
Radboud University Medical Center pays non établi dans la noticeOrganisme public
-
Radboud Institute for Molecular Life Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
HAN University of Applied Sciences Bio-informatica pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Centre for Life pays non établi dans la noticeInstitution
-
Donders Institute for Brain pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Newcastle University Institute of Genetic Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Radboud University Nijmegen, Radboud Institute for Molecular Life Sciences — University Medical Center et Radboud University Medical Center, avec 5 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.