EZ-Root-VIS: A Software Pipeline for the Rapid Analysis and Visual Reconstruction of Root System Architecture
Rattachement africain : gb, de, be. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
If we want to understand how the environment has shaped the appearance and behavior of living creatures, we need to compare groups of individuals that differ in genetic makeup and environment experience. For complex phenotypic features, such as body posture or facial expression in humans, comparison is not straightforward because some of the contributing factors cannot easily be quantified or averaged across individuals. Therefore, computational methods are used to reconstruct representative prototypes using a range of algorithms for filling in missing information and calculating means. The same problem applies to the root system architecture (RSA) of plants. Several computer programs are available for extracting numerical data from root images, but they usually do not offer customized data analysis or visual reconstruction of RSA. We developed Root-VIS, a free software tool that facilitates the determination of means and variance of many different RSA features across user-selected sets of root images. Furthermore, Root-VIS offers several options to generate visual reconstructions of root systems from the averaged data to enable screening and modeling. We confirmed the suitability of Root-VIS, combined with a new version of EZ-Rhizo, for the rapid characterization of genotype-environment interactions and gene discovery through genome-wide association studies in Arabidopsis (Arabidopsis thaliana).
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- EZ-Root-VIS: A Software Pipeline for the Rapid Analysis and Visual Reconstruction of Root System Architecture
- Date Crossref
- 12/06/2018
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of Glasgow Institute of Molecular pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Forschungszentrum Jülich pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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UCLouvain pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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School of Computing Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Agrosphäre (IBG-3) pays non établi dans la noticeInstitution
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Université Catholique de Louvain Earth and Life Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Institute of Molecular — University of Glasgow, Forschungszentrum Jülich et UCLouvain, avec 3 autres affiliations.
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