Reactome pathway analysis: a high-performance in-memory approach
Rattachement africain : gb, es, us, ca, cn. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
BACKGROUND: Reactome aims to provide bioinformatics tools for visualisation, interpretation and analysis of pathway knowledge to support basic research, genome analysis, modelling, systems biology and education. Pathway analysis methods have a broad range of applications in physiological and biomedical research; one of the main problems, from the analysis methods performance point of view, is the constantly increasing size of the data samples. RESULTS: Here, we present a new high-performance in-memory implementation of the well-established over-representation analysis method. To achieve the target, the over-representation analysis method is divided in four different steps and, for each of them, specific data structures are used to improve performance and minimise the memory footprint. The first step, finding out whether an identifier in the user's sample corresponds to an entity in Reactome, is addressed using a radix tree as a lookup table. The second step, modelling the proteins, chemicals, their orthologous in other species and their composition in complexes and sets, is addressed with a graph. The third and fourth steps, that aggregate the results and calculate the statistics, are solved with a double-linked tree. CONCLUSION: Through the use of highly optimised, in-memory data structures and algorithms, Reactome has achieved a stable, high performance pathway analysis service, enabling the analysis of genome-wide datasets within seconds, allowing interactive exploration and analysis of high throughput data. The proposed pathway analysis approach is available in the Reactome production web site either via the AnalysisService for programmatic access or the user submission interface integrated into the PathwayBrowser. Reactome is an open data and open source project and all of its source code, including the one described here, is available in the AnalysisTools repository in the Reactome GitHub ( https://github.com/reactome/ ).
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Reactome pathway analysis: a high-performance in-memory approach
- Date Crossref
- 02/03/2017
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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European Bioinformatics Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Open Targets pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Universitat de València pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Instituto de Medicina Genómica pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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INCLIVA Health Research Institute pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Institute for Integrative Systems Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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NYU Langone Health pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Ontario Institute for Cancer Research pays non établi dans la noticeOrganisme public
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University of Toronto Department of Molecular Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Beijing Proteome Research Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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European Molecular Biology Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Fundación Investigación INCLIVA pays non établi dans la noticeEntreprise
European Bioinformatics Institute, Open Targets et Universitat de València, avec 9 autres affiliations.
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