Trans effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns in human Down syndrome and mouse models
Rattachement africain : us, gb. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
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BACKGROUND: Trisomy 21 causes Down syndrome (DS), but the mechanisms by which the extra chromosome leads to deficient intellectual and immune function are not well understood. RESULTS: Here, we profile CpG methylation in DS and control cerebral and cerebellar cortex of adults and cerebrum of fetuses. We purify neuronal and non-neuronal nuclei and T lymphocytes and find biologically relevant genes with DS-specific methylation (DS-DM) in each of these cell types. Some genes show brain-specific DS-DM, while others show stronger DS-DM in T cells. Both 5-methyl-cytosine and 5-hydroxy-methyl-cytosine contribute to the DS-DM. Thirty percent of genes with DS-DM in adult brain cells also show DS-DM in fetal brains, indicating early onset of these epigenetic changes, and we find early maturation of methylation patterns in DS brain and lymphocytes. Some, but not all, of the DS-DM genes show differential expression. DS-DM preferentially affected CpGs in or near specific transcription factor binding sites (TFBSs), implicating a mechanism involving altered TFBS occupancy. Methyl-seq of brain DNA from mouse models with sub-chromosomal duplications mimicking DS reveals partial but significant overlaps with human DS-DM and shows that multiple chromosome 21 genes contribute to the downstream epigenetic effects. CONCLUSIONS: These data point to novel biological mechanisms in DS and have general implications for trans effects of chromosomal duplications and aneuploidies on epigenetic patterning.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Trans effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns in human Down syndrome and mouse models
- Date Crossref
- 25/11/2015
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Columbia University Irving Medical Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Cancer Genetics (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Roswell Park Comprehensive Cancer Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University College London pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Kennedy Krieger Institute Department of Psychology pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Johns Hopkins University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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New York State Office for People With Developmental Disabilities pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Columbia University Medical Center Taub Institute for Research on Alzheimer's Disease and the Aging Brain and Institute for Cancer Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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The Children's Guild Foundation Down Syndrome Research Program pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Clinical and Molecular Genetics Unit Fetal Growth and Development Group pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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New York State Institute for Basic Research in Developmental Disabilities Department of Developmental Neurobiology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Columbia University Irving Medical Center, Cancer Genetics (United States) et Roswell Park Comprehensive Cancer Center, avec 8 autres affiliations.
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