Sequence Diversity of Pan troglodytes Subspecies and the Impact of WFDC6 Selective Constraints in Reproductive Immunity
Rattachement africain : us, pt, de, gb. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Recent efforts have attempted to describe the population structure of common chimpanzee, focusing on four subspecies: Pan troglodytes verus, P. t. ellioti, P. t. troglodytes, and P. t. schweinfurthii. However, few studies have pursued the effects of natural selection in shaping their response to pathogens and reproduction. Whey acidic protein (WAP) four-disulfide core domain (WFDC) genes and neighboring semenogelin (SEMG) genes encode proteins with combined roles in immunity and fertility. They display a strikingly high rate of amino acid replacement (dN/dS), indicative of adaptive pressures during primate evolution. In human populations, three signals of selection at the WFDC locus were described, possibly influencing the proteolytic profile and antimicrobial activities of the male reproductive tract. To evaluate the patterns of genomic variation and selection at the WFDC locus in chimpanzees, we sequenced 17 WFDC genes and 47 autosomal pseudogenes in 68 chimpanzees (15 P. t. troglodytes, 22 P. t. verus, and 31 P. t. ellioti). We found a clear differentiation of P. t. verus and estimated the divergence of P. t. troglodytes and P. t. ellioti subspecies in 0.173 Myr; further, at the WFDC locus we identified a signature of strong selective constraints common to the three subspecies in WFDC6-a recent paralog of the epididymal protease inhibitor EPPIN. Overall, chimpanzees and humans do not display similar footprints of selection across the WFDC locus, possibly due to different selective pressures between the two species related to immune response and reproductive biology.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Sequence Diversity of Pan troglodytes Subspecies and the Impact of WFDC6 Selective Constraints in Reproductive Immunity
- Date Crossref
- 01/12/2013
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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National Institutes of Health pays non établi dans la noticeOrganisme public
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University of Pittsburgh Department of Computational and Systems Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Universidade do Porto pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Human Genome Research Institute NIH Intramural Sequencing Center (NISC) pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology Department of Evolutionary Genetics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Centre for Human Genetics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Oxford Wellcome Trust Centre for Human Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Drexel University Department of Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Arizona State University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Pennsylvania Departments of Genetics and Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Washington Department of Genome Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Cornell University Department of Biology of Molecular Biology and Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
National Institutes of Health, Department of Computational and Systems Biology — University of Pittsburgh et Universidade do Porto, avec 9 autres affiliations.
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