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Accès ouvert déclaré 2015 article

DrosophilaMuller F Elements Maintain a Distinct Set of Genomic Properties Over 40 Million Years of Evolution

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Rattachement africain : us, pr. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.

Le résumé fourni par la source

The Muller F element (4.2 Mb, ~80 protein-coding genes) is an unusual autosome of Drosophila melanogaster; it is mostly heterochromatic with a low recombination rate. To investigate how these properties impact the evolution of repeats and genes, we manually improved the sequence and annotated the genes on the D. erecta, D. mojavensis, and D. grimshawi F elements and euchromatic domains from the Muller D element. We find that F elements have greater transposon density (25-50%) than euchromatic reference regions (3-11%). Among the F elements, D. grimshawi has the lowest transposon density (particularly DINE-1: 2% vs. 11-27%). F element genes have larger coding spans, more coding exons, larger introns, and lower codon bias. Comparison of the Effective Number of Codons with the Codon Adaptation Index shows that, in contrast to the other species, codon bias in D. grimshawi F element genes can be attributed primarily to selection instead of mutational biases, suggesting that density and types of transposons affect the degree of local heterochromatin formation. F element genes have lower estimated DNA melting temperatures than D element genes, potentially facilitating transcription through heterochromatin. Most F element genes (~90%) have remained on that element, but the F element has smaller syntenic blocks than genome averages (3.4-3.6 vs. 8.4-8.8 genes per block), indicating greater rates of inversion despite lower rates of recombination. Overall, the F element has maintained characteristics that are distinct from other autosomes in the Drosophila lineage, illuminating the constraints imposed by a heterochromatic milieu.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.

Le contrôle bibliographique ouvert

DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé, mais le titre doit être comparé manuellement.

Titre Crossref
<i>Drosophila</i>Muller F Elements Maintain a Distinct Set of Genomic Properties Over 40 Million Years of Evolution
Date Crossref
01/05/2015
Éditeur
Oxford University Press (OUP)
Type
journal-article

Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.

Où se fait cette recherche

  • Washington University in St. Louis Department of Biology pays non établi dans la notice
    Université ou école supérieure
  • University of Alabama Department of Biological Sciences pays non établi dans la notice
    Université ou école supérieure
  • Hampden–Sydney College pays non établi dans la notice
    Université ou école supérieure
  • Arcadia University Department of Biology pays non établi dans la notice
    Université ou école supérieure
  • California Polytechnic State University Department of Chemistry and Biochemistry pays non établi dans la notice
    Université ou école supérieure
  • Adams State University Department of Biology pays non établi dans la notice
    Université ou école supérieure
  • Agnes Scott College Department of Biology pays non établi dans la notice
    Université ou école supérieure
  • Albion College Department of Biology pays non établi dans la notice
    Université ou école supérieure
  • Amherst College Department of Biology pays non établi dans la notice
    Université ou école supérieure
  • Cabrini University pays non établi dans la notice
    Université ou école supérieure
  • California Lutheran University Department of Biology pays non établi dans la notice
    Université ou école supérieure
  • Missouri Western State University Department of Biology pays non établi dans la notice
    Université ou école supérieure

Department of Biology — Washington University in St. Louis, Department of Biological Sciences — University of Alabama et Hampden–Sydney College, avec 9 autres affiliations.

Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.

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