Accès ouvert déclaré 2011 article

Multilocus Sequence Typing of Streptococcus pneumoniae by Use of Mass Spectrometry

Eileen Margaret Dunne, Eng Kok Ong, Ralf Moser, Peter Max Siba, Suparat Phuanukoonnon, Andrew R. Greenhill, Roy Michael Robins-Browne, Kim Mulholland, Catherine Satzke

26Citations signalées, ce qui n’est pas une note de qualité

5Institutions déclarées

3Pays d’affiliation déclarés

Rattachement africain : au, pg, gb. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.

Le résumé fourni par la source

Multilocus sequence typing (MLST) is an important tool for the global surveillance of bacterial pathogens that is performed by comparing the sequences of designated housekeeping genes. We developed and tested a novel mass spectrometry-based method for MLST of Streptococcus pneumoniae. PCR amplicons were subjected to in vitro transcription and base-specific cleavage, followed by analysis of the resultant fragments by using matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS). Comparison of the cleavage fragment peak patterns to a reference sequence set permitted automated identification of alleles. Validation experiments using 29 isolates of S. pneumoniae revealed that the results of MALDI-TOF MS MLST matched those obtained by traditional sequence-based MLST for 99% of alleles and that the MALDI-TOF MS method accurately identified two single-nucleotide variations. The MADLI-TOF MS method was then used for MLST analysis of 43 S. pneumoniae isolates from Papua New Guinean children. The majority of the isolates present in this population were not clonal and contained seven new alleles and 30 previously unreported sequence types.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.

Le contrôle bibliographique ouvert

DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.

Titre Crossref: Multilocus Sequence Typing of Streptococcus pneumoniae by Use of Mass Spectrometry
Date Crossref: 01/11/2011
Éditeur: American Society for Microbiology
Type: journal-article

Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.

Où se fait cette recherche

Murdoch Children's Research Institute pays non établi dans la notice
Organisation à but non lucratif
Papua New Guinea Institute of Medical Research pays non établi dans la notice
Structure de recherche
The University of Melbourne Department of Microbiology &amp pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
Menzies School of Health Research pays non établi dans la notice
Organisation à but non lucratif
London School of Hygiene & Tropical Medicine pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
Murdoch Childrens Research Institute Centre for International Child Health pays non établi dans la notice
Structure de recherche
Sequenom Inc. pays non établi dans la notice
Entreprise
London School of Hygiene &amp pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure

Murdoch Children's Research Institute, Papua New Guinea Institute of Medical Research et Department of Microbiology &amp — The University of Melbourne, avec 5 autres affiliations.

Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.

Les sujets associés

Pneumonia and Respiratory InfectionsBacterial Infections and VaccinesStreptococcal Infections and Treatments

Consulter la publication primaire Ouvrir le DOI