Detailed Analysis of a Contiguous 22-Mb Region of the Maize Genome
Rattachement africain : us, fr. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Most of our understanding of plant genome structure and evolution has come from the careful annotation of small (e.g., 100 kb) sequenced genomic regions or from automated annotation of complete genome sequences. Here, we sequenced and carefully annotated a contiguous 22 Mb region of maize chromosome 4 using an improved pseudomolecule for annotation. The sequence segment was comprehensively ordered, oriented, and confirmed using the maize optical map. Nearly 84% of the sequence is composed of transposable elements (TEs) that are mostly nested within each other, of which most families are low-copy. We identified 544 gene models using multiple levels of evidence, as well as five miRNA genes. Gene fragments, many captured by TEs, are prevalent within this region. Elimination of gene redundancy from a tetraploid maize ancestor that originated a few million years ago is responsible in this region for most disruptions of synteny with sorghum and rice. Consistent with other sub-genomic analyses in maize, small RNA mapping showed that many small RNAs match TEs and that most TEs match small RNAs. These results, performed on approximately 1% of the maize genome, demonstrate the feasibility of refining the B73 RefGen_v1 genome assembly by incorporating optical map, high-resolution genetic map, and comparative genomic data sets. Such improvements, along with those of gene and repeat annotation, will serve to promote future functional genomic and phylogenomic research in maize and other grasses.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Detailed Analysis of a Contiguous 22-Mb Region of the Maize Genome
- Date Crossref
- 20/11/2009
- Éditeur
- Public Library of Science (PLoS)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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University of Arizona pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Environmental Education Exchange pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Cold Spring Harbor Laboratory pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Washington University in St. Louis pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Georgia Department of Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Biotechnology Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Delaware Biotechnology Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Delaware Department of Plant and Soil Sciences and Delaware Biotechnology Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Wisconsin–Madison pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Iowa State University Department of Agronomy and Center for Plant Genomics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Plant (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Washington State University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
University of Arizona, Environmental Education Exchange et Cold Spring Harbor Laboratory, avec 9 autres affiliations.
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