Genomic Definition of Hypervirulent and Multidrug-Resistant Klebsiella pneumoniae Clonal Groups
Rattachement africain : fr, Maroc, Mali. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Multidrug-resistant and highly virulent Klebsiella pneumoniae isolates are emerging, but the clonal groups (CGs) corresponding to these high-risk strains have remained imprecisely defined. We aimed to identify K. pneumoniae CGs on the basis of genome-wide sequence variation and to provide a simple bioinformatics tool to extract virulence and resistance gene data from genomic data. We sequenced 48 K. pneumoniae isolates, mostly of serotypes K1 and K2, and compared the genomes with 119 publicly available genomes. A total of 694 highly conserved genes were included in a core-genome multilocus sequence typing scheme, and cluster analysis of the data enabled precise definition of globally distributed hypervirulent and multidrug-resistant CGs. In addition, we created a freely accessible database, BIGSdb-Kp, to enable rapid extraction of medically and epidemiologically relevant information from genomic sequences of K. pneumoniae. Although drug-resistant and virulent K. pneumoniae populations were largely nonoverlapping, isolates with combined virulence and resistance features were detected.
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Le contrôle bibliographique ouvert
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- Titre Crossref
- Genomic Definition of Hypervirulent and Multidrug-Resistant <i>Klebsiella pneumoniae</i> Clonal Groups
- Date Crossref
- 01/11/2014
- Éditeur
- Centers for Disease Control and Prevention (CDC)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Institut Pasteur Madagascar (pays nommé en fin d’affiliation)Organisation à but non lucratif
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Laboratoire National de Référence Maroc (code pays fourni par la source)Structure de recherche
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Institut National de Recherche en Santé Publique Mali (code pays fourni par la source)Organisme public
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Centre d'Informatique pour la Biologie pays non établi dans la noticeInstitution
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Environnement et Risques infectieux - Environment and Infectious Risks pays non établi dans la noticeInstitution
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Centre National de Référence des Escherichia coli pays non établi dans la noticeInstitution
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Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Centre National de la Recherche Scientifique, Institut Pasteur (Madagascar) et Laboratoire National de Référence (Maroc), avec 5 autres affiliations. Pays d’affiliation : Madagascar, Maroc, Mali.
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