Characterization of functional methylomes by next-generation capture sequencing identifies novel disease-associated variants
Rattachement africain : ca, us, se, gb, ch. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Most genome-wide methylation studies (EWAS) of multifactorial disease traits use targeted arrays or enrichment methodologies preferentially covering CpG-dense regions, to characterize sufficiently large samples. To overcome this limitation, we present here a new customizable, cost-effective approach, methylC-capture sequencing (MCC-Seq), for sequencing functional methylomes, while simultaneously providing genetic variation information. To illustrate MCC-Seq, we use whole-genome bisulfite sequencing on adipose tissue (AT) samples and public databases to design AT-specific panels. We establish its efficiency for high-density interrogation of methylome variability by systematic comparisons with other approaches and demonstrate its applicability by identifying novel methylation variation within enhancers strongly correlated to plasma triglyceride and HDL-cholesterol, including at CD36. Our more comprehensive AT panel assesses tissue methylation and genotypes in parallel at ∼4 and ∼3 M sites, respectively. Our study demonstrates that MCC-Seq provides comparable accuracy to alternative approaches but enables more efficient cataloguing of functional and disease-relevant epigenetic and genetic variants for large-scale EWAS.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Characterization of functional methylomes by next-generation capture sequencing identifies novel disease-associated variants
- Date Crossref
- 29/05/2015
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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McGill University and Génome Québec Innovation Centre Department of Human Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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McGill University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Université Laval Institute of Nutrition and Functional Foods (INAF) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Lung Institute pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Uppsala University Hospital Department of Medical Sciences pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Uppsala University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Science for Life Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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King's College London Department of Twin Research and Genetic Epidemiology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Churchill Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Oxford Endocrinology and Metabolism pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Oxford Centre for Diabetes pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Geneva Department of Genetic Medicine and Development pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Human Genetics — McGill University and Génome Québec Innovation Centre, McGill University et Institute of Nutrition and Functional Foods (INAF) — Université Laval, avec 9 autres affiliations.
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