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Felix Lenner, Jakob Willforss, Annick Renevey, sofiademmou et autres
What's Changed Patch release 0.12.2 by @sofiademmou in https://github.com/genomic-medicine-sweden/nallo/pull/1223 Full Changelog: https://github.com/genomic-medicine-sweden/nallo/compare/0.12.1...0.12.2
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Felix Lenner, Jakob Willforss, Annick Renevey, sofiademmou et autres
What's changed Fixed #1214 - Updated peddy nf-core module to fix this issue #1214 - Fixed nf-test CI not passing the matrix Nextflow version to the setup action. Full Changelog: https://github.com/genomic-medicine-sweden/nallo/compare/0.11.0...0.12.1
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Felix Lenner, Jakob Willforss, Annick Renevey, Daniel Schmitz et autres
Highlights Added #957 - Added new --skip_sex_check parameter and validation for its usage in the pipeline #1024 - Added fai input to allow for pre-built index #1035 - Added new subworkflow ANNOTATE_METHYLATION #1035 - Added new ${family_id}_methbat_profile_annotated.tsv output with concatenated and sorted …
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Felix Lenner, Jakob Willforss, Annick Renevey, Daniel Schmitz et autres
What's changed Changed #885 - Increased default memory requirements for PREPARE_GENS_INPUTS:GATK4_DENOISEREADCOUNTS Fixed #885 - Fixed non-contiguous chromosome blocks error in CONCAT_SORT_GENS:BCFTOOLS_CONCAT Full Changelog: https://github.com/genomic-medicine-sweden/nallo/compare/0.10.1...0.10.2
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Felix Lenner, Jakob Willforss, Annick Renevey, Daniel Schmitz et autres
Changed #881 Changed to separate inputs for female and male gens panel of normals Parameters | Old parameter | New parameter | | ------------------------- | -------------------------------- | | --gens_panel_of_normals | --gens_panel_of_normals_female | | --gens_panel_of_normals | --gens_panel_of_normals_male | [!NOTE] Parameter has been updated …
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Felix Lenner, Jakob Willforss, Annick Renevey, Daniel Schmitz et autres
Highligts Added #807 - Added new workflow for generating input data (coverage and B-allele frequencies, BAF) to Gens. Changed #847 - Changed local whatshap/stats module to the nf-core module #853 - Changed local whatshap/phase module to the nf-core module #857 - Set …
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Felix Lenner, Annick Renevey, Daniel Schmitz, Pádraic Corcoran et autres
Fixed #865 - Added check that methbat_regions parameter is set when running methbat Full Changelog: https://github.com/genomic-medicine-sweden/nallo/compare/0.9.1...0.9.2
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Felix Lenner, Annick Renevey, Daniel Schmitz, Pádraic Corcoran et autres
Changed #848 - Updated genmod to 3.10.2 to avoid KeyErrors in genmod compound Module updates | Tool | Old version | New version | | ------ | ----------- | ----------- | | genmod | 3.10.1 | 3.10.2 | [!NOTE] Version has been …
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Felix Lenner, Annick Renevey, Daniel Schmitz, Pádraic Corcoran et autres
Highlights Added #800 - Added co-phasing of SNVs and SVs for HiPhase and Longphase #803 - Added new subworkflow CHROMOGRAPH to generate chromograph plots of autozygosity #804 - Added sambamba depth to QC_ALIGNED_READS #804 - Added separate region inputs for mosdepth and …
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