Giotto Suite: a multiscale and technology-agnostic spatial multiomics analysis ecosystem
Jiaji G. Chen, Joselyn Chávez, Matthew O’Brien, Junxiang Xu et autres
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Nature Methods
Irzam Sarfraz
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Single-cell and spatial transcriptomicsCell Image Analysis TechniquesGene expression and cancer classificationBioinformatics and Genomic NetworksExtracellular vesicles in disease
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Keratinizing Basal Cells and Peri-Goblet Cells Are Associated With Smoking and COPD in the Bronchial Epithelium
Irzam Sarfraz, Jennifer Beane, Sarah A. Mazzilli, Marc E. Lenburg et autres
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American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine
MAMS: matrix and analysis metadata standards to facilitate harmonization and reproducibility of single-cell data
Irzam Sarfraz, Yichen Wang, Amulya Shastry, Wei Kheng Teh et autres
us, gb, de (code pays fourni par la source)
13 citations
Genome biology
Giotto Suite: a multi-scale and technology-agnostic spatial multi-omics analysis ecosystem
Jiaji George Chen, Joselyn Cristina Chávez-Fuentes, Matthew O’Brien, Junxiang Xu et autres
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22 citations
bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)
Interactive analysis of single-cell data using flexible workflows with SCTK2
Yichen Wang, Irzam Sarfraz, Nida Pervaiz, Rui Hong et autres
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Patterns
Matrix and analysis metadata standards (MAMS) to facilitate harmonization and reproducibility of single-cell data
Yichen Wang, Irzam Sarfraz, Wei Kheng Teh, А. В. Соколов et autres
us, gb, de (code pays fourni par la source)
4 citations
bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)
Interactive analysis of single-cell data using flexible workflows with SCTK2.0
Yichen Wang, Irzam Sarfraz, Rui Hong, Yusuke Koga et autres
us (code pays fourni par la source)
1 citation
bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)
Comprehensive generation, visualization, and reporting of quality control metrics for single-cell RNA sequencing data
Rui Hong, Yusuke Koga, Shruthi Bandyadka, Anastasia Leshchyk et autres
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84 citations
Nature Communications
Interactive Analysis of Single-Cell Data Using Flexible Workflows With SCTK2.0
Yichen Wang, Irzam Sarfraz, Rui Hong, Yusuke Koga et autres
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1 citation
SSRN Electronic Journal
ExperimentSubset: An R package to manage subsets of bioconductor experiment objects
Irzam Sarfraz, Muhammad Asif, Joshua D. Campbell
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Comprehensive and streamlined quality control for single-cell RNA data with singleCellTK
Yusuke Koga, Rui Hong, Anastasia Leshchyk, Shruthi Bandyadka et autres
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0 citations
ExperimentSubset: an R package to manage subsets of Bioconductor Experiment objects
Irzam Sarfraz, Muhammad Asif, Joshua D. Campbell
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10 citations
Bioinformatics
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