Single-cell and spatial profiling in cancer biology and clinical oncology
Chris J. Frangieh, Joy Linyue Fan, Johannes C. Melms, Parin Shah et autres
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Nature Cancer
Joy Linyue Fan
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Cellular states associated with metastatic organotropism and survival in patients with pancreatic ductal adenocarcinoma
Morteza Chalabi Hajkarim, Michael May, Amit Dipak Amin, Jacob K. Jamison et autres
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Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
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Genome biology
Spatiotemporal Single-Cell Analysis Reveals T Cell Clonal Dynamics and Phenotypic Plasticity in Human Graft-versus-Host Disease
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bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)
Echidna: A Bayesian framework for quantifying gene dosage effect impacting phenotypic plasticity
Joy Linyue Fan, Mingxuan Zhang, William E. O’Brien, Johannes C. Melms et autres
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Starfysh integrates spatial transcriptomic and histologic data to reveal heterogeneous tumor–immune hubs
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Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
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Multimodal single-cell and whole-genome sequencing of small, frozen clinical specimens
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azizilab/starfysh: STARFYSH
Siyu He, Yinuo Jin, Achille Nazaret, Lingting Shi et autres
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Zenodo (CERN European Organization for Nuclear Research)
Multi-modal single-cell and whole-genome sequencing of minute, frozen specimens to propel clinical applications
Yiping Wang, Joy Linyue Fan, Johannes C. Melms, Amit Dipak Amin et autres
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bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)
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