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Microbiomes and pathogen communities in Critically Endangered lemurs vary with anthropogenic pressures

Karine L. Mahefarisoa, Karen D. Bishop, Van de Moortel Broos, Anna Greffe, Mitchell T. Irwin, Hajanirina Rakotondrainibe, Fidisoa Rasambainarivo, Isabel Vanoverberghe, Emmanuel André, Luc Brendonck, Jelle Matthijnssens, Karelle Celes Mbigha Donfack, Piet Maes, Anne-Sophie Logist, Tine Huyse, Santatra Randrianarisoa, Randall E. Junge, Lydia K. Greene, Nicolas Antoine‐Moussiaux, Cathy Williams, Raf Aerts, Ellen Decaestecker

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8Institutions déclarées

4Pays d’affiliation déclarés

Rattachement africain : be, Madagascar, us, at. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.

Le résumé fourni par la source

R and shell scripts for multi-omics analysis of Propithecus diadema gut microbiomes and blood pathogens across mining and agricultural disturbance in Madagascar. Includes:- 16S rRNA amplicon analysis (DADA2, phyloseq, vegan)- Metagenome-assembled genome (MAG) analysis (MEGAHIT, CheckM2, GTDB-Tk)- Antimicrobial resistance gene profiling (CARD, BacMet)- Faecal virome analysis (NetoVIR, ViPER)- Blood pathogen screening (Nanopore, Kraken2)- Cross-platform integration (Procrustes) Associated publication: [Journal, Year - to be updated]Raw sequence data: NCBI BioProject PRJNA1481872

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University of Antananarivo University of Antananarivo, Madagascar (code pays fourni par la source)
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Université ou école supérieure
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Entreprise
Royal Museum for Central Africa pays non établi dans la notice
Institution
Columbus Zoo and Aquarium pays non établi dans la notice
Institution
Association of Zoos and Aquariums pays non établi dans la notice
Organisation à but non lucratif
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Katholieke Universiteit Leuven pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
Mahaliana Labs pays non établi dans la notice
Institution

KU Leuven, University of Antananarivo (University of Antananarivo, Madagascar) et East Carolina University, avec 7 autres affiliations. Pays d’affiliation : Madagascar.

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