Performances and Critical Limitations of Docking and Protein–Ligand Interactions for Efficacy-Driven Virtual Screening Targeting Class A GPCRs
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Abstract Structure-based virtual screening of chemical libraries is an established and widely used strategy for identifying novel ligands for G-protein-coupled receptors. An enhancement based on integrating protein–ligand interaction with docking has previously been proposed, but its actual impact on improving screening outcomes has remained unclear. Here, we present a comprehensive assessment based on systematic benchmarking using a diverse set of class A G-protein-coupled receptors and different approaches to represent protein–ligand, including dynamic patterns extracted from molecular dynamics simulations. Our results demonstrate that the combined approach overall improves the efficacy bias of selected ligands as compared to docking alone (ranking by scoring function). All tested variations prove broadly functional; however, the most sophisticated one─incorporating simulation and a learning model─emerges as the most robust alternative for a prospective setting. The analysis of two prospective cases, the design of both agonists and antagonists of CNR1 and the more challenging search for CXCR4 nonpeptidic agonist, reveals both great potential and inherent structural limitations, highlighting the need for an accurate and suitable three-dimensional structure.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Performances and Critical Limitations of Docking and Protein–Ligand Interactions for Efficacy-Driven Virtual Screening Targeting Class A GPCRs
- Date Crossref
- 01/09/2026
- Éditeur
- American Chemical Society (ACS)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Laboratoire d'Innovation Thérapeutique pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université de Strasbourg Laboratoire d’Innovation Thérapeutique pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Inserm pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Institut de Génomique Fonctionnelle pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université de Montpellier Institut de Génomique Fonctionnelle pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Laboratoire d'Innovation Thérapeutique, Laboratoire d’Innovation Thérapeutique — Université de Strasbourg et Centre National de la Recherche Scientifique, avec 3 autres affiliations.
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