Accès ouvert déclaré 2026 preprint

Comparative Single-Cell Profiling of CRISPR Knockout and Interference Defines Modality-Specific Strengths in Functional Genomics

Nikhil Gupta, Andy Sayer, Malwina Prater, Chara Mastrokalou, Khalid Saeed, Curtis Hart, Ricardo Miragaia, Ashutosh Trehan, Ultan McDermott, Magdalena E Strauß, Douglas Ross‐Thriepland, David Walter, Alex Kalinka

0Citations signalées, ce qui n’est pas une note de qualité

4Institutions déclarées

1Pays d’affiliation déclarés

Rattachement africain : gb. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.

Le résumé fourni par la source

Abstract Pooled CRISPR screens coupled with single-cell RNA sequencing enable high-throughput functional interrogation of gene regulatory networks, yet systematic comparisons of CRISPR knockout (CRISPRko) and CRISPR interference (CRISPRi) remain limited. We established a single-cell CRISPRko workflow and benchmarked it against CRISPRi using 87 sgRNAs targeting 29 unfolded protein response genes. CRISPRko generated transcriptional phenotypes are highly concordant with CRISPRi, and induced comparable pathway-level responses. While CRISPRi allows direct assessment of target gene repression, CRISPRko provides an effective complementary approach for complete loss-of-function studies, expanding the toolkit for single-cell functional genomics.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.

Le contrôle bibliographique ouvert

DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.

Titre Crossref: Comparative Single-Cell Profiling of CRISPR Knockout and Interference Defines Modality-Specific Strengths in Functional Genomics
Date Crossref: 27/08/2026
Éditeur: openRxiv
Type: posted-content

Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.

Où se fait cette recherche

Cancer Research UK Cambridge Center pays non établi dans la notice
Structure de recherche
AstraZeneca (United Kingdom) pays non établi dans la notice
Entreprise
European Bioinformatics Institute pays non établi dans la notice
Structure de recherche
University of Exeter pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
Cancer Research Horizons pays non établi dans la notice
Institution
Oncology R&D pays non établi dans la notice
Institution
EMBL-EBI pays non établi dans la notice
Institution
Discovery Sciences pays non établi dans la notice
Institution

Cancer Research UK Cambridge Center, AstraZeneca (United Kingdom) et European Bioinformatics Institute, avec 5 autres affiliations.

Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.

Les sujets associés

Single-cell and spatial transcriptomicsCRISPR and Genetic EngineeringCell Image Analysis Techniques

Lire en accès ouvert Consulter la publication primaire Ouvrir le DOI