High‐Throughput DNA Barcoding Reveals Multi‐Trophic Networks of Plants, Leafminers and Parasitoids in a Tropical Dry Forest
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Tropical dry forests host highly diverse insect communities and complex trophic interactions, yet these networks remain difficult to resolve using conventional molecular or rearing-based approaches. Here, we integrate long-read DNA barcoding, non-target sequence co-amplification, and host plant taxonomy to reconstruct tri-trophic interactions among leaf-mining insects, their host plants, and associated parasitoids in a Mexican tropical dry forest. Using Single Molecule, Real-Time (SMRT) sequencing on the PacBio Sequel IIe platform, we generated high-fidelity barcodes from individual leaf-miner larvae and from parasitoid larvae and pupae recovered from leaf mines. From 253 specimens, we obtained 214 sequences, and identified 83 operational taxonomic units including leaf-mining Lepidoptera, Diptera, Coleoptera, and their hymenopteran parasitoids, plus 31 non-target sequences. Of the 214 sequences, 69 were parasitoid wasps (32.2%). Of these, 40 were obtained from parasitoids dissected directly from leaf mines, while 29 were co-amplified from leaf-miner samples, demonstrating that SMRT-based co-amplification allows detection of parasitism without rearing. Our analysis revealed 156 trophic interaction types and 247 interaction events. Network analyses showed a highly modular tripartite network, with module structure primarily driven by host plant identity and a reduced set of influential leaf-miner and parasitoid taxa. Bipartite networks supported the hypothesis that interactions are more strongly compartmentalized between leafminers and host plants than at higher trophic levels. These results demonstrate that long-read DNA barcoding with co-amplification detection provides a scalable framework for reconstructing multi-trophic interactions from individual specimens, overcoming key limitations of rearing-based methods and enabling robust biodiversity and ecological network assessments in species-rich ecosystems.
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- Titre Crossref
- High‐Throughput <scp>DNA</scp> Barcoding Reveals Multi‐Trophic Networks of Plants, Leafminers and Parasitoids in a Tropical Dry Forest
- Date Crossref
- 01/08/2026
- Éditeur
- Wiley
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua-León pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Universidad Nacional Autónoma de México Colección Nacional de Insectos pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Guelph Canadian Centre for DNA Barcoding pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Université de Tours Institut de Recherche Sur la Biologie de L'insecte pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Natural History Museum Vienna pays non établi dans la noticeInstitution
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Institut National de Recherche pour l'Agriculture pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Ecologie et Ecophysiologie Forestières pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut de Recherche sur la Biologie de l'Insecte UMR 7261 pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Zoologie forestière pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Ciencias Agrogenómicas pays non établi dans la noticeInstitution
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INRAE pays non établi dans la noticeInstitution
Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua-León, Colección Nacional de Insectos — Universidad Nacional Autónoma de México et Canadian Centre for DNA Barcoding — University of Guelph, avec 9 autres affiliations.
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