CodonMamba: a foundation model for programmable mRNA coding sequence design
Rattachement africain : mo, cn. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
A bstract Although mRNA codon language models provide a generalizable framework for biological sequence design, effective CDS design requires both a learned sequence design space that captures biological constraints and context-configurable design preferences. Here we present CodonMamba, a codon language model framework for mRNA prediction and programmable CDS design. Pretrained on large-scale coding-sequence corpora, CodonMamba achieved state-of-the-art performance across a comprehensive benchmark of 12 mRNA prediction tasks, ranking first on 10 of 12 tasks. Furthermore, CodonMamba establishes a programmable CDS design framework, transforming codon optimization from a process dependent on preferences embedded during model training into an inference-time steerable generation framework. By introducing user-specified codon usage priors during generation, CodonMamba enables inference-time steering toward host- or application-specific codon preferences without retraining. In design experiments, CodonMamba enabled coordinated optimization over multiple design-relevant sequence properties and demonstrated programmable cross-host CDS retargeting through inference-time prior switching, while preserving most model-derived codon choices.Together, these results establish CodonMamba as a programmable foundation model framework for CDS design, enabling context-specific mRNA sequence engineering and highlighting a promising direction for precise mRNA design using foundation models.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- CodonMamba: a foundation model for programmable mRNA coding sequence design
- Date Crossref
- 24/08/2026
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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University of Macau pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Zhejiang Academy of Social Sciences pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Hangzhou Academy of Agricultural Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Hangzhou Institute of Medicine pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Faculty of Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Chinese Academy of Sciences Hangzhou Institute for Advanced Study pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
University of Macau, Zhejiang Academy of Social Sciences et Hangzhou Academy of Agricultural Sciences, avec 3 autres affiliations.
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