FAIRyMAGs - a series of FAIR Galaxy workflows for the generation of metagenome assembled genomes
Rattachement africain : de, it, gb, fr. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Advances in whole-genome sequencing (WGS) technologies have enabled large-scale recovery of metagenome-assembled genomes (MAGs), providing unprecedented insights into microbial diversity across diverse environments. However, the reconstruction of MAGs remains computationally demanding and methodologically complex, requiring the integration of multiple tools for quality control, assembly, binning, refinement, and annotation. Existing workflows often rely on scripting-based implementations, constrain user-driven modification and stepwise execution, and require advanced expertise in high-performance computing (HPC) system administration, thereby limiting accessibility, reproducibility, and adaptability. Here, we present FAIRyMAGs, a Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable (FAIR)-compliant, modular pipeline implemented within the Galaxy platform for the generation and analysis of MAGs. FAIRyMAGs consists of six interconnected workflows covering all major steps of MAG reconstruction, including read preprocessing, host and contaminant removal, assembly, binning, dereplication, and downstream taxonomic and functional annotation. The workflows are accompanied by extensive training material, including tutorials, a learning pathway, FAQs, test datasets and video walk-throughs by domain experts, supporting community adaptation. By leveraging Galaxy’s graphical interface and federated infrastructure, FAIRyMAGs enables users to execute complex analyses on public or private compute resources without requiring local installation or workflow programming expertise. The modular design further supports flexible adaptation, iterative optimization, and seamless integration of new tools contributed by the community. To demonstrate applicability, FAIRyMAGs was applied to four real-world microbiome datasets spanning various host-associated and environmental systems. These analyses revealed substantial variability in MAG recovery, community complexity, and clustering structure, underscoring the importance of flexible workflows adaptable to dataset-specific characteristics. Overall, FAIRyMAGs provides an accessible, extensible, and reproducible framework for genome-resolved metagenomics, reducing technical barriers and enabling methodological innovation through community-driven development within the adaptable Galaxy ecosystem.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- FAIRyMAGs - a series of FAIR Galaxy workflows for the generation of metagenome assembled genomes
- Date Crossref
- 05/08/2026
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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University of Freiburg Department of Computer Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Bari Aldo Moro Department of Biosciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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European Bioinformatics Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Inserm pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Institut National de Recherche pour l'Agriculture pays non établi dans la noticeOrganisme public
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University of Clermont Auvergne pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Laboratoire Microorganismes Génome et Environnement pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut Français de Bioinformatique IFB-core pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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European Molecular Biology Laboratory Microbiome Informatics Team pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université Clermont Auvergne Laboratoire Microorganismes: Génome et Environnement (LMGE) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Computer Science — University of Freiburg, Department of Biosciences — University of Bari Aldo Moro et European Bioinformatics Institute, avec 9 autres affiliations.
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