Dataset for: Altered follicular immunity in secondary lymphoid organs is associated with interferon hyperactivity in Down syndrome
Rattachement africain : ar, fr, ch, us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Description This repository contains the flow cytometry and single-cell datasets generated for the study Altered follicular immunity in secondary lymphoid organs is associated with interferon hyperactivity in Down syndrome. Flow cytometry The flow cytometry dataset includes compensated Flow Cytometry Standard (FCS) files corresponding to four independent antibody panels designed to characterize immune cell populations from human palatine tonsils: T-cell panel (unstimulated) T-cell panel (stimulated) B-cell panel Myeloid-cell panel Data acquisition was performed using a BD LSRFortessa flow cytometer (BD Biosciences). The deposited FCS files correspond to exported gates containing viable cells after compensation and were used for all downstream analyses. Sample identifiers were anonymized prior to deposition. Single-cell multiomic data The single-cell dataset includes gene expression, paired T-cell receptor (TCR) sequencing, paired B-cell receptor (BCR) sequencing, and cell surface protein measurements generated from the same study cohort. Single-cell gene expression, paired TCR sequencing, and surface protein profiling were performed using the Chromium GEM-X Single Cell 5′ v3 Gene Expression with Feature Barcoding technology for Cell Surface Protein (10x Genomics), according to the manufacturer's instructions. Cell surface proteins were labeled using the TotalSeq™-C Human Universal Cocktail, V1.0 (BioLegend; Cat. No. 399905). The repository includes the Cell Ranger output files required for downstream analyses, including the filtered feature-barcode matrices (matrix.mtx.gz), feature annotation files (features.tsv.gz), barcode files (barcodes.tsv.gz), as well as the paired TCR and BCR V(D)J output files.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
Où se fait cette recherche
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Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Universidad Nacional de Córdoba pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Research Centre in Biological Chemistry of Córdoba pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Inserm Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Université Paris-Est Créteil pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institut Mondor de Recherche Biomédicale pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Zurich Institute of Experimental Immunology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Colorado Anschutz Linda Crnic Institute for Down Syndrome pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Centro Científico Tecnológico - Córdoba pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université Paris Sciences et Lettres pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Immunité et Cancer pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut Curie pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas, Universidad Nacional de Córdoba et Research Centre in Biological Chemistry of Córdoba, avec 9 autres affiliations.
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